在容器中生成闪亮进程时保留环境变量

Question

我有一个运行ning Docker 容器，其中包含来自稍微修改过的 rocker/shiny 映像的闪亮服务器。

默认 shiny-server.conf 文件将 shiny 用户设置为

下的用户

# Define the user we should use when spawning R Shiny processes
run_as shiny;

表示服务器默认运行以 root 身份运行，但 shiny 应用程序的工作进程运行作为用户 shiny

应用程序本身使用数据仓库连接到 SQL 服务器，通过 RODBC 初始化。虽然我们不想将整个连接详细信息字符串（包括数据库主机和密码）放入代码库，但我们希望通过运行宁以下例程

HOST <- Sys.getenv("host")
DB <- Sys.getenv("db")
UID <- Sys.getenv("uid")
PWD <- Sys.getenv("pwd")

conn<-paste0("driver={ODBC Driver 17 for SQL Server};server=",HOST,";database=",DB,";uid=",UID,";pwd=",PWD)
dbhandle<-odbcDriverConnect(conn)

问题是，当工作进程作为用户 shiny 在容器中生成时，这些环境变量为空。

如果我尝试运行交互式 R 控制台中的相同代码（作为 root 或 shiny 用户) 我得到了预期的环境变量。

如有任何意见，我们将不胜感激。请注意，我不打算使用 docker 秘密，因为我不是运行在 docker swarm 集群中安装应用程序，只是一个独立的 Rancher OS 主机。

编辑：虽然 .Renviron 文件可能是解决该特定问题的可行替代方案，但它需要将变量放入代码库中，而我们在此试图避免这种情况。

Answer 1

我在 shiny-server.sh 启动脚本中添加了以下内容，这是 docker 容器的 CMD，正如 Ralf Stubner

所建议的

env > /home/shiny/.Renviron
chown shiny.shiny /home/shiny/.Renviron

在容器中生成闪亮进程时保留环境变量

Preserve environment variables when spawning shiny processes within a container

r

environment-variables

shiny

docker

shiny-server