snakemake 中带有空格的文件

Question

我正在尝试运行 snakefile 中的命令 myconversion 'my input file.xlsx' 'my output file.xlsx'。我试过了

input:
    "my input file.xlsx"
output:
    "my output file.xlsx"
shell:
    "myconversion {input:q} {output:q}"

但是，这不起作用。我收到 Python 错误

Error: Invalid value for "infile": Path "'my" does not exist.

我做错了什么？

Answer 1

问题出在您的 shell 命令上，而不是 snakemake。对于 CLI 工具，您需要在引号内指定文件名。

rule asd:
    input:
        "my input file.xlsx"
    output:
        "my output file.xlsx"
    shell:
        'cat "{input}" "{output}"'

Files with whitespaces in snakemake