在多列上使用 dplyr 按组插值 NA

Question

我有这样一个数据框：

> head(df1)
  iso year var1 var2 var3
1 XXX 2005  165   29 2151
2 XXX 2006  160   21 2139
3 XXX 2007   NA   NA   NA
4 XXX 2008  184    9 3640
5 XXX 2009   NA   NA   NA
6 YYY 2005  206  461 8049

我想根据它周围的年份替换NA的间歇年份和范围开始和结束的年份的NA通过向后和向前进行最外面的非 NA 观察。

我为一列执行此操作的代码是：

df1 %>% 
 group_by(iso) %>%
 mutate(var1 = na.approx(var1, na.rm = FALSE, rule = 1)) %>%
 mutate(var1 = na.locf(var1, na.rm = FALSE)) %>%
 mutate(var1 = na.locf(var1, na.rm = FALSE, fromLast = TRUE))

这行得通，所以现在我想一次性对所有列执行此操作（有 3 个以上，并且它们没有像我的示例中那样编号）。这是我从问题的答案中拼凑出来的。我省略了对 na.locf.

的两次调用

columnnames <- c("var1, "var2", "var3")
df1 %>%
 group_by(iso) %>%
 mutate_at(.vars = vars(columnnames), .funs = funs(na.approx(., na.rm = FALSE, rule = 1)))

这会引发错误和警告：

Error in approx(x[!na], y[!na], xout, ...) : need at least two non-NA values to interpolate In addition: Warning message: In xy.coords(x, y, setLab = FALSE) : NAs introduced by coercion

我想我明白了错误，但是当我在var1上使用第一段代码时并没有得到它。我不遵守的警告。如何将代码应用于数据框中的所有列？我还尝试将所有内容放入循环中，遍历 columnnames 但这也不起作用（这可能不是解决此问题的最佳方法）。

Answer 1

我们可以使用mutate_at。关键是在 vars 参数中指定正确的列，它使用与 select 函数相同的规则。因此，在这种情况下，vars(starts_with("var")) 也将起作用。

library(dplyr)
library(zoo)

df1 %>% 
  group_by(iso) %>%
  mutate_at(vars(-iso, -year), funs(na.approx(., na.rm = FALSE, rule = 1))) %>%
  mutate_at(vars(-iso, -year), funs(na.locf(., na.rm = FALSE))) %>%
  mutate_at(vars(-iso, -year), funs(na.locf(., na.rm = FALSE, fromLast = TRUE)))
# # A tibble: 6 x 5
# # Groups:   iso [2]
#   iso    year  var1  var2  var3
#   <chr> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
# 1 XXX    2005   165    29 2151 
# 2 XXX    2006   160    21 2139 
# 3 XXX    2007   172    15 2890.
# 4 XXX    2008   184     9 3640 
# 5 XXX    2009   184     9 3640 
# 6 YYY    2005   206   461 8049

数据

df1 <- read.table(text = "  iso year var1 var2 var3
1 XXX 2005  165   29 2151
2 XXX 2006  160   21 2139
3 XXX 2007   NA   NA   NA
4 XXX 2008  184    9 3640
5 XXX 2009   NA   NA   NA
6 YYY 2005  206  461 8049 ",
                 header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

Answer 2

您可以使用 mutate_at 重新编写代码，以便一次性完成转换：

library(dplyr)
library(zoo)


df %>% 
  group_by(iso) %>%
  mutate_at(vars(starts_with("var")), 
            funs(na.locf(na.locf(na.approx(., na.rm = FALSE, rule = 1),na.rm=FALSE),
                                                              fromLast=TRUE)))


# # A tibble: 6 x 5
# # Groups: iso [2]
# iso    year  var1   var2  var3
# <chr> <int> <dbl>  <dbl> <dbl>
# 1 XXX    2005   165  29.0   2151
# 2 XXX    2006   160  21.0   2139
# 3 XXX    2007   172  15.0   2890
# 4 XXX    2008   184   9.00  3640
# 5 XXX    2009   184   9.00  3640
# 6 YYY    2005   206 461     8049
#

数据：

df <- read.table(text=
"iso year var1 var2 var3
1 XXX 2005  165   29 2151
2 XXX 2006  160   21 2139
3 XXX 2007   NA   NA   NA
4 XXX 2008  184    9 3640
5 XXX 2009   NA   NA   NA
6 YYY 2005  206  461 8049",
header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

Answer 3

这是一个基本的解决方案：

ave(df,df$iso, FUN =function(y){
  if(nrow(y) > 1) y[3:5] <- lapply(y[3:5], function(x) approx(y$year,x,y$year,rule=2)$y)
  y
})

#   iso year var1 var2   var3
# 1 XXX 2005  165   29 2151.0
# 2 XXX 2006  160   21 2139.0
# 3 XXX 2007  172   15 2889.5
# 4 XXX 2008  184    9 3640.0
# 5 XXX 2009  184    9 3640.0
# 6 YYY 2005  206  461 8049.0

Answer 4

使用 na.approx 和 method = "constant"（与 na.locf 相同）和 rule = 2（意味着将最接近的值扩展到前导和尾随 NA）。如果您希望对 NA 进行线性插值，而不是删除 method="constant" 参数。

df1 %>%
  group_by(iso) %>%
  mutate_at(vars(-iso), funs(na.approx(., method = "constant", rule = 2))) %>%
  ungroup

给予：

# A tibble: 6 x 5
  iso    year  var1  var2  var3
  <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 XXX    2005   165    29  2151
2 XXX    2006   160    21  2139
3 XXX    2007   160    21  2139
4 XXX    2008   184     9  3640
5 XXX    2009   184     9  3640
6 YYY    2005   206   461  8049

备注

df1 的可复制形式是：

df1 <- 
structure(list(iso = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L), .Label = c("XXX", 
"YYY"), class = "factor"), year = c(2005L, 2006L, 2007L, 2008L, 
2009L, 2005L), var1 = c(165L, 160L, NA, 184L, NA, 206L), var2 = c(29L, 
21L, NA, 9L, NA, 461L), var3 = c(2151L, 2139L, NA, 3640L, NA, 
8049L)), class = "data.frame", row.names = c("1", "2", "3", "4", 
"5", "6"))

在多列上使用 dplyr 按组插值 NA

Interpolating NA's by group using dplyr on multiple columns

r

zoo

na

dplyr

备注