通过 knitr + pandoc R 降价到 html：错误 137

Question

我有以下问题：我有一个 .Rmd 文件，我使用 Rstudio 按钮通过 knitr + pandoc 将其编译为 html。在这个 .Rmd 文件中，我按照此处描述的方法将 json 数据传递给 js 层： http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

这是因为我想将数据用于一些自定义的 d3 视觉效果。这似乎适用于少量数据，但是当我尝试传递更大的数据时，我在从 .Rmd 编译到 html 时遇到问题；问题似乎出在 pandoc 上，因为我得到：

pandoc document conversion failed with error 137

我试图在网上到处寻找对此错误消息的解释，但没有成功。有谁知道这个错误是什么意思？

Answer 1

研究错误后，我仍然无法修复它。但是，我有一个解决方法，允许将任意 json 数据注入到使用 R markdown 生成的 html 报告中，而无需通过 pandoc；后者似乎不喜欢使用例如注入很多 json

中描述的方法

http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

因为这个 137 错误在我看来与 pandoc 终止到 html 的转换过程有关，因为它需要很长时间才能终止。

解决方法非常简单：而不是在 knitr 编译步骤中注入 json 数据，方法是将其包含在带有 'asis' 选项的块中（如上文所述 link)，最好在knitr和pandoc编译生成的html文件的末尾追加json数据。换句话说，在 kitr + pandoc 步骤的输出 html 文件中注入 json 数据。

假设要编译成 html 的 rmd 文件驻留在已安装的包中，并遵循

中的建议

Best practice for embedding arbitrary JSON in the DOM?

为了在 DOM 中嵌入 json 数据，可以使用具有以下功能的 xml2 包实现这一目标：

create_report <- function(file, 
                          subdir, 
                          package, 
                          parameters, 
                          output_file, 
                          data_arr = NULL){
  #check file exists
  if (system.file(package = package, subdir, file) == ''){
    stop('Cannot find the .rmd file')
  }
  #first generate report
  address <- rmarkdown::render(system.file(package = package,
                                       subdir,
                                       file),
                           output_dir = getwd(),
                           intermediates_dir = getwd(),
                           output_file = output_file,
                           params = parameters,
                           clean = FALSE)
  #then append the data in the json files located in the named list
  #data_arr directly into the 
  #html after compilation if needed:
  if (!is.null(data_arr)){
  report <- xml2::read_html(address)
  report_body <- xml2::xml_find_first(report, "body")
  #adding the data
  for (i in 1:length(data_arr)){
    xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'application/json', id = 
  names(data_arr[i]), data_arr[[i]])
  }
  #Then add a script that takes the data from the script tags added above and 
  #initializes the variables.
  varnames <- paste0("var ", names(data_arr), " = 
  JSON.parse(document.getElementById('", names(data_arr), "').innerHTML);",
                   collapse = " ")
  xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'text/javascript', id = 
  'external_json_init', varnames)
  xml2::write_html(report, address)
}
return(address)
}

在上面的函数中，data_arr应该是一个命名列表，其元素是json个字符串，例如，通过使用jsonlite::toJSON转换R对象，其名称是用于在 javascript 层中存储数据的变量名称。通过这种方式，可以将任意大小的 json 注入到生成的 html 的 R markdown 中，以供 javascript.

操作。

通过 knitr + pandoc R 降价到 html：错误 137

R markdown to html via knitr + pandoc: error 137

r

pandoc

rstudio

knitr

r-markdown