无法加载图表。将图表加载到 igraph（来自任意来源）"returned NULL"

Question

我正在使用 igraph 和 networkx，我尝试通过

将我的 nx 图转换为 igraph 图

nx.write_graphml(nx_graph,filepath) # Export NX graph to file
ig_graph = ig.read(filepath,format="graphml") # Create new IG graph from file

这在一台机器上运行良好，但在另一台机器上出现错误

SystemError: built-in method Read_GraphML of type object at 0x000002488D3FEE58 returned NULL without setting an error

我 运行 Windows10 和 Python 3.5。 有趣的是，在工作机器上，python-igraph 版本被指定为 “0.7.1”，而在故障系统上它是“0.7.1+5.3b99dbf6”，尽管我很确定通过 Christoph Gohlke 的文件完成了相同的安装过程。

错误也发生在像这样的简单测试设置中：

import igraph as ig
g = ig.Graph.Famous("zachary")
g.save("zachary.graphml")
g=ig.load("zachary.graphml")

因此，我很确定这与 networkx 生成的文件无关，而是我的 igraph 配置有问题。 我真的不知道系统上的差异可能在哪里，所以如果您有任何想法，请告诉我。

谢谢！ :)

编辑：我也运行测试套件

import igraph.test
igraph.test.run_tests()

它在两种设置上都运行良好 - 即使是错误的设置。

Answer 1

我认为您在 python-igraph 的文件处理例程中遇到了一个已知错误，该错误仅出现在 Python 3.x 上（但不出现在 Python 2.x). This is the issue in the bug tracker; this is the explanation and this is the patch that fixes it。不幸的是，由于补丁后没有新版本，您需要自行重新编译 igraph 才能摆脱它。

但是请注意，只有在尝试加载图形时出现错误（异常）时才会触发该错误。我的第一个猜测是第二个系统上的 igraph 是在没有 GraphML 支持的情况下构建的，因此加载程序在读取文件时抛出异常（说明此构建中没有 GraphML 支持），这反过来触发了错误。