knitr 缓存：如果数据文件发生变化而不是其他选项（例如，`fig.xyz`）则更新

Question

假设我使用 knitr，我有一个块需要一段时间才能运行，我希望这个块在文件更改时更新，但如果我更改 [=13] =].后来建议我改cache chunk option to 1 but then I cannot use a check sum as suggested here.

这是一个降价文件的例子

---
title: "Example"
author: "Benjamin Christoffersen"
date: "September 2, 2018"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
data_file <- "~/data.RDS"
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file))
```

```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to that result do not change
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```

运行 set.seed(1): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS") 和针织产量

然后运行宁set.seed(2): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS")和针织产量

显示 large_computation 未按原样更新，因为 cache.extra 不在 knitr:::cache1.opts 向量中。当然，我可以保存 md5sum 结果，检查以前存储的文件并使用 cache.rebuild 或在 large_computation 块中做类似的事情，但如果使用 knitr 会更好解决方案。我经常发现我更改了一些块选项（例如 dpi、fig.width 和 fig.height），因此使用 cache = TRUE 将不起作用。我想可以修改包以便能够向 knitr:::cache1.opts.

添加选项

Answer 1

如果我理解正确的话，问题是如果cache设置为1，则cache.extra没有被考虑在内。事实上，this is by design.

期望的行为是在外部文件（或更一般的：提供给 cache.extra 的某些值）更改时使所有块（包括具有 cache = 1 的块）的缓存无效。

如问题中所述，实现此目的的一种方法是使用 chunk option cache.rebuild 但不是手动跟踪外部文件中的更改，我会利用 knitr 的内置缓存功能：

```{r cachecontrol, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

将其添加为早期块，如果 data_file 更改，所有后续块的缓存将失效。这个想法是缓存控制后续块缓存的块——但前提是外部文件未更改。

当然，只有在评估 cachecontrol 块之前没有更改全局块选项时，这才有效。

问题的完整示例：

运行set.seed(1); saveRDS(rnorm(100), "data.RDS")用不同的seed生成不同的外部文件，然后knit:

---
title: "Invalidate all chunks condidional on external file (even if cache=1)"
output: html_document
---

```{r}
data_file <- "data.RDS"
```

```{r cachecontrol, include = FALSE, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
# do NOT change global chunk options before this chunk
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.width = 8)
```


```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to show that result do not change unless external file changes
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```

Answer 2

当缓存=1或2时，我找到了另一个解决cache.extra无知的方法。请将以下 hook 代码插入设置部分，这会在代码部分插入额外的注释，以便在更改 cache.extra 时使缓存无效。

knitr::opts_hooks$set(cache.extra = function(options){
  # invalidate cache 
  options$code <- c(sprintf("# cache.extra: %s", options$cache.extra), options$code)
  options
})

knitr 缓存：如果数据文件发生变化而不是其他选项（例如，`fig.xyz`）则更新

knitr cache: update if data file changes but not other options (e.g., `fig.xyz`)

r

knitr

r-markdown