使用 knitr 从 R 获取显示的错误消息，因为它们本机出现在 R 会话中
Get error messages from R displayed as they natively appear in an R session using knitr
我想使用 Rmarkdown 构建一个 html 文档，其中可以显示来自 R 的错误消息，因为它们在 R 交互式会话中本机出现。
类似，但不要求错误消息的显示与交互式会话中的完全相同：我尝试对给定的块使用 error=TRUE，错误的前缀为Error in eval(expr, envir, enclos)::
具有以下块：
```{r, error=TRUE}
notexistingvariable
```
我预计：
Error: object 'notexistingvariable' not found
我得到：
Error in eval(expr, envir, enclos): object 'notexistingvariable' not found
我尝试添加 results="asis" 选项，但这在这里没有效果。我认为这只适用于非错误输出。
尝试使用 wrap.error
按照建议 ，我尝试设置自定义 wrap.error 函数。
test.Rmd:
---
title: "test"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
wrap.error <- function(x, options) {
# x is an error object, with components "call" and "message". Ignore
# the call, but wrap the result like code:
paste0("```\n## Error: ", x$message, "\n```")
}
```
```{r, error=TRUE}
notexistingvariable
```
转换为 html：
$ R -e "rmarkdown::render('test.Rmd',output_file='test.html')"
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> rmarkdown::render('test.Rmd',output_file='test.html')
processing file: test.Rmd
|................ | 25%
ordinary text without R code
|................................ | 50%
label: setup (with options)
List of 1
$ include: logi FALSE
|................................................. | 75%
ordinary text without R code
|.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-1 (with options)
List of 1
$ error: logi TRUE
output file: test.knit.md
/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /home/bli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmpAoBtc7/rmarkdown-str53186fa5c04d.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'
Output created: test.html
>
>
test.html 文件如下所示：
使用 wrap.simpleError，正如现在更新的答案所建议的那样，有效。
（已更新以反映 R 3.5.x 更改）
您可以为输出设置自定义渲染器（参见 vignette("knit_print")），但我认为发生错误时不会调用它们。在这种情况下调用通用 wrap() 函数。 knitr 定义了一个 wrap.error() 方法，在 R 3.5.0 之前，它可以被用户覆盖。但是，在最新版本的 R 中，优先选择包中定义的方法而不是用户定义的方法，因此它不再有效。
不过，有些错误还是有解决办法的。对于问题中的示例，创建的错误对象具有 class c("simpleError", "error", "condition")，并且 knitr 未定义 wrap.simpleError() 方法。您可以定义一个，并覆盖其处理。
你这样做：
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
wrap.simpleError <- function(x, options) {
# x is an error object, with components "call" and "message". Ignore
# the call, but wrap the result like code:
paste0("```\n## Error: ", x$message, "\n```")
}
```
```{r, error=TRUE}
notexistingvariable
```
这会显示如下结果：
还有一个输出挂钩来处理错误：请参阅 https://yihui.name/knitr/hooks/。但是，它似乎是在 wrap.error 之后调用的，当消息已经形成时。您可以编辑该消息以删除
您不想要的部分使用这样的代码：
```{r}
knitr::knit_hooks$set(error = function(x, options) {
paste0("```\n",
sub(" in eval(expr, envir, enclos)", "", x, fixed = TRUE),
"\n```")
})
```e
这可能比 wrap.simpleError 方法更可靠，后者
如果 knitr 曾经定义过这样的 wrap.simpleError 方法，它将停止工作。它还将处理所有错误，而不仅仅是 "simpleError" 个错误。它有
缺点是可能更难定制它来处理不同类型的错误，并且可能无法在 "Error in" 被翻译成其他语言的不同语言环境中工作。
我想使用 Rmarkdown 构建一个 html 文档，其中可以显示来自 R 的错误消息，因为它们在 R 交互式会话中本机出现。
error=TRUE，错误的前缀为Error in eval(expr, envir, enclos)::
具有以下块：
```{r, error=TRUE}
notexistingvariable
```
我预计：
Error: object 'notexistingvariable' not found
我得到：
Error in eval(expr, envir, enclos): object 'notexistingvariable' not found
我尝试添加 results="asis" 选项，但这在这里没有效果。我认为这只适用于非错误输出。
尝试使用 wrap.error
按照建议 wrap.error 函数。
test.Rmd:
---
title: "test"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
wrap.error <- function(x, options) {
# x is an error object, with components "call" and "message". Ignore
# the call, but wrap the result like code:
paste0("```\n## Error: ", x$message, "\n```")
}
```
```{r, error=TRUE}
notexistingvariable
```
转换为 html：
$ R -e "rmarkdown::render('test.Rmd',output_file='test.html')"
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> rmarkdown::render('test.Rmd',output_file='test.html')
processing file: test.Rmd
|................ | 25%
ordinary text without R code
|................................ | 50%
label: setup (with options)
List of 1
$ include: logi FALSE
|................................................. | 75%
ordinary text without R code
|.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-1 (with options)
List of 1
$ error: logi TRUE
output file: test.knit.md
/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /home/bli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmpAoBtc7/rmarkdown-str53186fa5c04d.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'
Output created: test.html
>
>
test.html 文件如下所示：
使用 wrap.simpleError，正如现在更新的答案所建议的那样，有效。
（已更新以反映 R 3.5.x 更改）
您可以为输出设置自定义渲染器（参见 vignette("knit_print")），但我认为发生错误时不会调用它们。在这种情况下调用通用 wrap() 函数。 knitr 定义了一个 wrap.error() 方法，在 R 3.5.0 之前，它可以被用户覆盖。但是，在最新版本的 R 中，优先选择包中定义的方法而不是用户定义的方法，因此它不再有效。
不过，有些错误还是有解决办法的。对于问题中的示例，创建的错误对象具有 class c("simpleError", "error", "condition")，并且 knitr 未定义 wrap.simpleError() 方法。您可以定义一个，并覆盖其处理。
你这样做：
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
wrap.simpleError <- function(x, options) {
# x is an error object, with components "call" and "message". Ignore
# the call, but wrap the result like code:
paste0("```\n## Error: ", x$message, "\n```")
}
```
```{r, error=TRUE}
notexistingvariable
```
这会显示如下结果：
还有一个输出挂钩来处理错误：请参阅 https://yihui.name/knitr/hooks/。但是，它似乎是在 wrap.error 之后调用的，当消息已经形成时。您可以编辑该消息以删除
您不想要的部分使用这样的代码：
```{r}
knitr::knit_hooks$set(error = function(x, options) {
paste0("```\n",
sub(" in eval(expr, envir, enclos)", "", x, fixed = TRUE),
"\n```")
})
```e
这可能比 wrap.simpleError 方法更可靠，后者
如果 knitr 曾经定义过这样的 wrap.simpleError 方法，它将停止工作。它还将处理所有错误，而不仅仅是 "simpleError" 个错误。它有
缺点是可能更难定制它来处理不同类型的错误，并且可能无法在 "Error in" 被翻译成其他语言的不同语言环境中工作。