为什么 Snakemake 看不到符号 link 文件？

Question

我有一个规则，其输出文件是符号 link 文件。即使正在制作 link 文件，Snakemake 也会以 MissingOutputException 退出并将输出文件列为丢失。如果不是使用 "ln -s" 制作 symlink，而是使用 "cp -p" 复制文件，它就可以工作。我尝试增加 --latency-wait 但没有任何区别。

Answer 1

听起来您在符号链接时使用的是源文件的相对路径。使用绝对路径。

Answer 2

Snakemake 将损坏的符号链接视为丢失的输出。