snakemake：为输入和输出文件使用不同的文件夹

Question

这很可能是一个非常基本的问题，但我无法在任何地方找到它的记录。

rule all:
    input:
        "fasta_file.fna"
    output:
        "headers.txt"
    shell:
        "grep "^>" {input} > {output}"

我想运行为一组不一定位于同一文件夹中的文件执行此操作。有没有办法提供来自另一个目录的输入文件名作为命令（或配置文件）？

Answer 1

好吧没关系，这可能确实不是一个聪明的问题。

rule all:
    input:
        "input/{sample}.fna"
    output:
        "output/{sample}_headers.txt"
    shell:
        "grep "^>" {input} > {output}"

这样我就可以运行为我的目标文件制作 snakemake，比如 snakemake output/A1_headers.txt，或者在我的输入序列上构建一个 for 循环。

snakemake: Use different folders for input and output files