如何删除非常细的条形图 outline/border

Question

我想删除条形图边缘的这些线。我正在使用 phyloseq 库。这是我的代码，我尝试将 colour/color/col 更改为 "NA"，结果相同。我只是不喜欢那个细细的黑色轮廓。

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

Answer 1

您的问题出在程序包 phyloseq 的函数 plot_bar() 中 - 内部边框为黑色。您可以使用额外参数创建您的函数 - border_color 或不使用它。

plot_bar_2 <-  function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, facet_grid = NULL, border_color = NA) 
{
  mdf = psmelt(physeq)
  p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
  p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack",  color = border_color)
  p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
  if (!is.null(facet_grid)) {
    p <- p + facet_grid(facet_grid)
  }
  if (!is.null(title)) {
    p <- p + ggtitle(title)
  }
  return(p)
}

并致电

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

如果需要，也可以使用任何其他边框颜色

p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum", border_color = "red")

如何删除非常细的条形图 outline/border

How to remove very thin Bar Plot outline/border

plot

r

phyloseq