skimage.io.imread returns TIFF 导入的尺寸不正确

Question

使用 skimage.io.imread returns 形状为 (3,M,N) 而不是 (M,N,3) 的数组导入 TIFF 图像。

In [1]: im = skimage.io.imread('image.tif')

In [2]: im.shape
Out[2]: (3, 768, 1024)

In [3]: im = skimage.io.imread('image.tif', as_grey = True)

In [4]: im.shape
Out[4]: (3, 768)

In [5]: im = skimage.io.imread('image.tif', flatten = True)

In [6]: im.shape
Out[6]: (3, 768)

Answer 1

我认为将此称为 imread 的扁平化功能中的错误是公平的，因此在那里打开一个问题可能是合适的。

我不太清楚哪个顺序是"correct."性能有差异。如果您循环使用颜色通道，(3, M, N) 会更快。如果您要遍历行或列，则 (M, N, 3) 更快。但很明显 flatten 和 as_grey 无法正确检测尺寸。

这里的解决方法显然很简单，但您也可以查看 tifffile，可通过 pip 或从 conda install -c soft-matter tifffile.

等软件渠道安装

skimage.io.imread returns TIFF 导入的尺寸不正确

skimage.io.imread returns incorrect dimensions for TIFF import

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