桑基流程图：从一个轴到另一个轴的链接有多个链接

Question

我使用的是通用糖尿病数据，

datGluBMIAge <- dat[, .(freq = sum(freq)), by=list(Glucose_cat, BMI_cat, Age_cat, Outcome_cat)]
datGluBMIAge<- datGluBMIAge[!(is.na(datGluBMIAge$Age_cat))]
datGluBMIAge<- datGluBMIAge[!(is.na(datGluBMIAge$Glucose_cat))]
datGluBMIAge<- datGluBMIAge[!(is.na(datGluBMIAge$BMI_cat))]
setnames(datGluBMIAge, old = c('Glucose_cat', 'Age_cat','Outcome_cat', 'BMI_cat'), new = c('Glucose', 'Age','Diabetes','BMI'))

ggplot(datGluBMIAge,aes(axis1= Diabetes, axis2=Glucose, axis3 = BMI, axis4 = Age, y = freq)) +
geom_alluvium(aes(fill=Diabetes),aes.bind=TRUE, reverse = FALSE, alpha=0.9) +
scale_fill_manual(labels = c("Negative", "Positive"), values = c("#0066BA", "#FF9400")) +
scale_x_discrete(limits = c("Diabetes", "Glucose","BMI", "Age"), expand = c(0, 0)) +
scale_y_continuous(labels = NULL, expand = c(0,0))+
theme(axis.text.x=element_text(margin = margin(t = 0, unit='pt')),
    axis.title.x = element_text(vjust = 0),
    panel.grid.major = element_blank(),
    panel.grid.minor = element_blank(),
    panel.background = element_blank(),
    axis.line = element_blank(),
    axis.ticks = element_blank(),
    legend.position = "none")+
geom_stratum(alpha=1, reverse = FALSE) +
geom_text(stat="stratum", label.strata= TRUE, reverse = FALSE) +
ylab(NULL)+xlab(NULL) +
geom_vline(xintercept = 0)

以上代码生成此图：

根据上面的情节我有两个问题

从 Glucose="Normal" 到 BMI='30-35' 有很多 link，我该如何排列它们才能让我只看到一个 link 从 Glucose="Normal" 到 BMI='30-35' 和所有其他
如何更改轴之间的配色方案？例如，如果我想要葡萄糖和 BMI 之间的颜色不同，甚至 BMI 和年龄之间的颜色不同？我如何使用 ggalluvial 库来实现？

如有任何线索，我们将不胜感激。感谢您的时间。问候，Trupti

Answer 1

而不是使用 geom_alluvium 使用 geom_flow 解决了问题 1。我仍在探索解决问题 2。谢谢，Trupti

Answer 2

由于层对于每个轴都是唯一的，您可以通过先转换为长格式然后使用 geom_flow(aes(fill = stratum)) 来更改每对轴之间流的配色方案。这是来自 the cover illustration to ggalluvial:

的示例

ggplot(data = titanic_long,
       aes(x = Demographic, stratum = stratum, alluvium = alluvium,
           y = Freq, label = stratum)) +
  geom_flow(aes(fill = stratum)) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum") +
  theme_minimal() +
  ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic",
          "stratified by demographics and survival")

另一方面，如果您有一些层出现在多个轴上，您将需要采取额外的步骤将这些层区分为单独的因子水平。您可以在转换为长格式后手动执行此操作，或者在转换为长格式时在 to_lodes_form() 中设置 discern = TRUE。

桑基流程图：从一个轴到另一个轴的链接有多个链接

sankey flow diagram: links going one axis to another has multiple links

r

sankey-diagram