使用 snakemake 打印简化的 DAG 图
Printing simplified DAG plot with snakemake
我有一个很长的 snakemake 工作流程，它处理 9 个具有许多并行规则的样本。当我为 DAG 创建图片时：
snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf
生成的 dag 图很大而且非常冗余（而且由于复杂的节点放置而变得丑陋）。
是否可以生成一个规范的 dag 图，它不会显示每个任务的 9 个节点，而只显示所有步骤的主要路径？
我想将我的样本列表简化为一个样本，但希望有更好的方法而不触及 snakefile（秘密参数？）
谢谢
使用标志 --rulegraph 而不是 --dag。
我有一个很长的 snakemake 工作流程，它处理 9 个具有许多并行规则的样本。当我为 DAG 创建图片时：
snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf
生成的 dag 图很大而且非常冗余（而且由于复杂的节点放置而变得丑陋）。
是否可以生成一个规范的 dag 图，它不会显示每个任务的 9 个节点，而只显示所有步骤的主要路径？
我想将我的样本列表简化为一个样本，但希望有更好的方法而不触及 snakefile（秘密参数？）
谢谢
使用标志 --rulegraph 而不是 --dag。