为图像中的不同生物细胞分配不同的颜色

Question

我需要为图像中的不同生物细胞分配不同的颜色。

更具体地说，图像只是黑白的（因此只有 0 和 255 的矩阵）。单元格的内容（不包括边界）用白色表示，而单元格边界用黑色表示。每个单元格都被一些单元格边界或图像边缘包围。我希望为不同的单元格分配不同的颜色，这样我可以通过查看其条目的值立即知道我当前所在的单元格。

编辑：是生物细胞。我在网上找到了类似的东西：

来源：http://brainiac2.mit.edu/isbi_challenge/

Answer 1

想到一个简单的方法：

阈值图像以将其二值化，因为您提供的图像不仅仅包含 0 和 255。
找到所有的轮廓并将它们组织成两级层次结构。这可以通过使用标志 RETR_CCOMP:
调用 cv2.threshold 来完成

At the top level, there are external boundaries of the components. At the second level, there are boundaries of the holes. If there is another contour inside a hole of a connected component, it is still put at the top level.

N.B.: "Components"是图像的白色部分，"holes"是黑色部分。
遍历轮廓。对于组件的每个轮廓（由于此类轮廓位于层次结构的顶层，因此它们没有父轮廓）绘制填充随机颜色的轮廓多边形。

示例代码：

import cv2
import numpy as np

img = cv2.imread('cells.png', cv2.IMREAD_GRAYSCALE)
thresh = cv2.threshold(img, thresh=128, maxval=255, type=cv2.THRESH_BINARY)[1]
_, contours, hierarchy = cv2.findContours(thresh, cv2.RETR_CCOMP, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)

output = cv2.cvtColor(thresh, cv2.COLOR_GRAY2BGR)
for i, contour in enumerate(contours):
    if hierarchy[0][i][3] == -1:
        colour = cv2.randu(np.zeros(3, np.uint8), 0, 256)
        cv2.drawContours(output, contours, i, colour.tolist(), -1)

cv2.imwrite('cells_colour.png', output)

结果：

为图像中的不同生物细胞分配不同的颜色

Assign different colors to different biological cells in an image

python

opencv

image

image-processing

cv2