在 Rmd YAML 中将 `list.files()` 用于书目字段

Question

我需要一些帮助来使用 list.files() 函数自动列出 ../bib 目录中 Rmd YAML 中参考文献字段的所有 *.bib 文件。

我在 ../bib 目录中有三个 bib 文件（"a.bib"、"b.bib"、"c.bib"）。无需在 YAML 的参考书目字段中手动输入每个文件名，我想自动解析每个 bib 文件名及其字段的相对路径，这样我只需在 "bib" 目录中添加更多 bib 文件每当我需要更多参考资料。我已经尝试了一些可能的代码，如下所示；然而，它失败了。任何帮助将不胜感激。

---
title: "Test Document"
output: pdf_document
bibliography: ['`r paste0("bib/", list.files("bib", pattern = "(*.bib)$"))`']
---


# Intro

This is test.

我想让 YAML 中的 bibliography 字段填充现有的 *.bib 文件名列表（及其相对路径），如下所示：

bibliography: ["bib/a.bib", "bib/b.bib", "bib/c.bib"]

Answer 1

您似乎在使用单引号来指示 YAML 中的可执行 R 代码 header，但我尝试过的任何方法似乎都不起作用。这可能是不可能的...

与其尝试执行引用 YAML header 中每个 .bib 文件的表达式，不如创建一个新的合并参考书目。

要创建合并的书目，您可以使用 bib2df 包。

试试下面的代码：

# Load the bib2df library.
library(bib2df)

# Set path to .bib files. 
bib_path <- paste0(getwd(),"/bib")

# Create vector of all .bib files. 
bib_refs <- list.files(path=bib_path,pattern = ".bib")

# Create an empty list for storing bib data frames. 
bibs_list <- list()

# Loop through bib_refs and store as df in bibs_list
for (i in 1:length(bib_refs)){
  ref_path <- paste0(bib_path,"/",bib_refs[i])
  bibs_list[[i]] <- bib2df(ref_path)
  }

# bind dfs in list.
bibs_df <- do.call(rbind,bibs_list)

# Create new merged bibliography
df2bib(bibs_df, file = paste0(bib_path,"/","bibliography.bib"))

现在您可能需要指定与您的工作目录不同的 .bib 文件的路径，您在其中呈现 .R 或 .Rmd 文件。为此，我将 YAML header 更改为如下所示：

bibliography: D:\Documents\R\Whosebug\bib\bibliography.bib

在 Rmd YAML 中将 `list.files()` 用于书目字段

Using `list.files()` for bibliography field in Rmd YAML

r

knitr