slurm sbatch 排队任务但没有执行

Question

我在 AWS 集群上使用 slurm 并编写了一个似乎无法运行的执行脚本。如果我运行脚本本身，它运行没问题。但是，当运行和 sbatch 时，它不起作用。

我用以下代码调用 sbatch：

for sample in `cat url.txt`;
    do sudo /opt/slurm/bin/sbatch ./slurm_script.sh $sample; 
    sleep 1;
done

脚本slurm_script.sh包含很长的生物信息学管道。它在单独调用时确实有效 [bash slurm_script.sh someString]

它输出到主节点：

Submitted batch job 2
Submitted batch job 3
Submitted batch job 4
Submitted batch job 5
...

但是当我 ssh 进入任何计算节点时，没有进程运行ning。也没有创建文件。有什么想法吗？

Answer 1

我花了一些时间才弄清楚这个问题，但是在运行脚本之前，slurm 的错误和输出目录没有在正确的文件夹中创建。我在 ~/slurm_out 和 ~/slurm_error 中创建了这些目录。但是，在运行之后根据@Poshi

建议进行以下操作

scontrol show job

我看到 slurm 在以下目录中寻找这些：

...
WorkDir=/scratch/missing
StdErr=/scratch/missing/slurm_error/error_85.txt
StdIn=/dev/null
StdOut=/scratch/missing/slurm_out/output_85.txt
Power=
...

在 slurm 查找的目录中创建 slurm_error 和 slurm_out 后，脚本开始运行!

slurm sbatch 排队任务但没有执行

slurm sbatch queues tasks but nothing executes

bash

slurm