使用 opts_chunk$set(root.dir = ...) 在 knitr 中设置工作目录不起作用

Question

我的 R 项目的结构就像一个包含目录 /R、/vignettes、/data 等的包。在我的 /vignettes 中的一个 Rmd 文档中，我获取了一个脚本它位于 /R。在此脚本中，我使用 read.csv() 加载位于 inst/extdata/.
的文件现在的问题是默认情况下Rmd文件里面的工作目录就是文件所在的目录。我们称它为 /Users/Me/Docs/Proj/vignettes。但是，为了使 R 脚本运行，工作目录需要是项目的主目录 (/Users/Me/Docs/Proj)。
我尝试使用 knitr::opts_chunk$set(root.dir = normalizePath("..") 更改 Rmd 文件中的工作目录。但是显然这个不会更改工作目录，因为如果我在它之后调用 getwd() 输出仍然是 /Users/Me/Docs/Proj/vignettes 而 knitr::chunk_opts$get("root_dir") returns /Users/Me/Docs/Proj。

这是一个最小的示例 Rmd 文件：

```{r}
getwd()  # returns 'Users/Me/Docs/Proj/vignettes'
knitr::opts_chunk$set(root.dir = normalizePath(".."))  # should change the working directory to 'Users/Me/Docs/Proj'
getwd()  # again returns 'Users/Me/Docs/Proj/vignettes'
knitr::opts_chunk$get("root.dir")  # returns 'Users/Me/Docs/Proj'
```

我使用的是 RStudio 版本 0.99.435。这是我的会话信息：

R version 3.2.0 (2015-04-16)  
Platform: x86_64-apple-darwin14.3.0 (64-bit)  
Running under: OS X 10.10.3 (Yosemite)  

locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] htmltools_0.2.6 tools_3.2.0     yaml_2.1.13     rmarkdown_0.6.1 digest_0.6.8

非常感谢任何帮助。如果您需要更多信息 post 对该问题发表评论。提前致谢！

Answer 1

It is knitr::opts_knit 而不是 knitr::opts_chunk.

Answer 2

正如 Yihui 在他的回答中指出的那样，错误只是我使用了 opts_chunk$set() 而不是 opts_knit$set()。

然而，可能值得注意的是，工作目录的更改不会影响当前块，只会影响下一个块。所以e。 G。如果你想加载相对于新工作目录的数据，请在以下块中执行此操作。

Answer 3

如果你有一个带有嵌套子文件夹的 R 项目，因此 .Rproj 和 .Rmd 文件位于不同的文件夹中，你可以使用命令 rprojroot::find_rstudio_root_file() 查找并将工作目录设置为项目的Kniting 期间的主文件夹（而不是包含 rMarkdown 代码文件的文件夹）。

所以至少要使用以下内容：

```{r setup}

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

```

在 setup 区块内。

另见

Answer 4

root.dir =设置工作目录的一些实现细节。
尽管 Yihui and Tommy 已经给出了一些很棒的答案。我仍然被困在设置工作目录中。所以我想在这里做出一个完整的答案。

来自knitr documentation：

Knitr’s settings must be set in a chunk before any chunks which rely on those settings to be active. It is recommended to create a knit configuration chunk as the first chunk in a script with cache = FALSE and include = FALSE options set. This chunk must not contain any commands which expect the settings in the configuration chunk to be in effect at the time of execution.

我的代码示例：

就我而言，.Rproj 和 .Rmd 文件位于同一文件夹中。

```{r setup, include=FALSE, cache = FALSE}
require("knitr")
## setting working directory
opts_knit$set(root.dir = "~/Documents/R/Example")
```

Answer 5

对我来说 knitr::opts_knit$set 使用了 root.dir 但没有使用 echo = FALSE

而

knitr::opts_chunk$set 不适用于 root.dir 但确实适用于 echo = FALSE

因此，

我在设置块中使用了两个选项：

```{r settings, include = FALSE}

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE
                      , comment = NA
                      , warning = FALSE
                      , error = FALSE
                      , message = FALSE
                      , tidy = TRUE)

knitr::opts_knit$set(root.dir = 'C:/...')

```

Answer 6

当 .Rmd文件位于其他文件上游的子目录中。如果您遇到同样的问题，请尝试：

library(here)
knitr::include_graphics(here("figs/figure.png"))

在这些情况下，您显然也可以使用 ../，但这样一来，调试时路径将无法直接在控制台中使用。

解决方案来源：https://community.rstudio.com/t/knittr-include-graphics-image-png-cannot-find-files/82959/2

使用 opts_chunk$set(root.dir = ...) 在 knitr 中设置工作目录不起作用

Setting work directory in knitr using opts_chunk$set(root.dir = ...) doesn't work

r

rstudio

knitr