将矩阵的每一行作为 r 中的输入的函数

Question

我看过一些帖子展示了如何使用 apply、sapply、dplyr、plyr 等运行矩阵每一行的函数。但是，我正在努力生成一个 R 脚本，它允许我运行一个将每一行都视为输入的函数。这是一些示例数据：

> ` Time.course..| timecourse1 | X | X.1 | X.2| X.3 | X.4 | X.5 | X.6 | X.7
1 YORF | 0 | 5.000 |10.000| 15.000 | 20 30.000 |40.000 | 50.000 | 60.000
2 YAL026C |1| 0.7030321 | NA | NA | NA | 0.7130882 | 0.3322182 | 0.2153255 | 0.2264951

可能很难说，但基本上我在第一行 0 到 60 有一个时间序列，并且有大约 6000 多个基因的相应表达水平。我有一个计算半衰期的函数，但我需要在整个数据帧中循环它，输入是每一行的相同时间值。

在将数据框 x 转换为矩阵后，我可以对一行执行以下操作：

`> y <- x[1,]
> time <- c(0,5,10,15,20,30,40,50,60)
> result <- pk.calc.half.life(conc = y, time = time)
> print(result$half.life)
[1] 17.89096`

但我需要一种快速有效的方法来运行对每一行进行此操作，并将该值保存在原始数据框的新列中。函数 sapply 和 lapply 没有工作给我一个错误，conc 和 time 必须是相同的长度。

> sapply(x, pk.calc.half.life(x, time = time))
Error in check.conc.time(conc, time) : 
  Conc and time must be the same length
In addition: Warning message:
In check.conc.time(conc, time) : Negative concentrations found
> lapply(x, pk.calc.half.life(x, time = time))
Error in check.conc.time(conc, time) : 
  Conc and time must be the same length
In addition: Warning message:
In check.conc.time(conc, time) : Negative concentrations found

Answer 1

apply会很乐意为您完成。无论如何，您需要从数据集中删除第一列（非时间）以及第一行（如果我理解正确的话它只包含时间索引）

data <- structure(list(Time.course = c("YORF", "YAL026C"), 
                      timecourse1 = c(0, 1), 
                      X = c(5, 0.7030321), 
                      X.1 = c(10, NA), 
                      X.2 = c(15, NA), 
                      X.3 = c(20, NA), 
                      X.4 = c(30, 0.7130882), 
                      X.5 = c(40, 0.3322182), 
                      X.6 = c(50, 0.2153255), 
                      X.7 = c(60, 0.2264951)), 
                 row.names = c(NA, -2L), class = c("data.frame"))

time <- as.numeric(data[1, -1])
half_life <- apply(data[-1,-1], 1, function(x) {
  PKNCA::pk.calc.half.life(conc = x, time = time)$half.life
})

将矩阵的每一行作为 r 中的输入的函数

Applying function with every row of matrix as the input in r

for-loop

r

apply

lapply

sapply