knitr 在文档中生成错误，但无论如何都能正确生成图形

Question

我正在 macOS 上编织一个 R Markdown 文件，我正在使用 knitr::opts_chunk$set(dev = c("png", "cairo_pdf")) 将绘图输出同时保存为 PNG 和 PDF 文件。我也在使用 Cairo PDF 库，因为它默认可以正确嵌入字体（参见）

当我使用自定义字体编织和创建绘图时，knitr 使用 Cairo 正确保存了 PNG 和 PDF 文件：

然而，在实际编写的R Markdown文档中，R会抱怨缺少字体并提供数十条警告。这很奇怪，因为它在幕后工作得很好。

这是一个 MWE：

---
title: "So many warnings?"
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.path = "fig/",  # Save images to a subdirectory
                      echo = FALSE,  # Hide code for now
                      dpi = 300,  # High resolution PNGs
                      # Save all figures as Cairo PDFs and PNGs
                      dev = c("png", "cairo_pdf"),
                      dev.args = list(png = list(type = "cairo")))
```

```{r load-libraries}
library(ggplot2)
```

```{r warningless-plot}
# This will save two files in the fig/ folder, both saved using Cairo:
# - fig/warningless-plot-1.png
# - fig/warningless-plot-1.pdf

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_point()
```

```{r warningful-plot}
# This will save two files in the fig/ folder, both saved *correctly* using Cairo:
# - fig/warningful-plot-1.png
# - fig/warningful-plot-1.pdf

# However, rmarkdown or knitr or something in the pipeline gets mad and throws 
# a ton of warnings.

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_point() +
  theme_grey(base_family = "Comic Sans MS")
```

图形本身保存正确，但 HTML 输出充满了这些警告：

## Warning in grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## font family 'Comic Sans MS' not found in PostScript font database

## Warning in grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :    
## font family 'Comic Sans MS' not found in PostScript font database

现在我的解决方案是将 warning=FALSE 添加到 warningful-plot 的块选项和所有其他生成自定义字体图的块。不过，我想知道为什么会出现这些额外的警告，以及是否有办法首先避免收到警告。

Answer 1

在这里回答我自己的问题……

根据 GitHub 上的几个问题（在 knitr and hrbrthemes），发生这种情况是因为 knitr 在实际编织时在后台无形地使用了一个空 PDF 设备 (pdf(NULL))。不过，R 中的默认 pdf() 图形设备无法处理自定义字体，因此会出现警告。尽管 none 的可见图形曾经穿过基础 pdf() 设备，但我猜它们仍然无形地穿过它。

当使用 dev = 'png' 编织时，knitr 将使用一个不可见的 png() 设备并且不会抛出任何警告。似乎同时使用 cairo_pdf 设备打破了这一点并迫使 knitr 返回到一个不可见的、无自定义字体的 pdf() 设备。

我们可以通过强制 knitr 使用不可见的 png() 设备来解决这个问题，based on this comment here:

# Use invisible NULL png() device
options(device = function(file, width, height) {
  png(tempfile(), width = width, height = height)
})

# knit options, including `dev = c("png", "cairo_pdf")`
knitr::opts_chunk$set(fig.path = "fig/",  # Save images to a subdirectory
                      echo = FALSE,  # Hide code for now
                      dpi = 300,  # High resolution PNGs
                      # Save all figures as Cairo PDFs and PNGs
                      dev = c("png", "cairo_pdf"),
                      dev.args = list(png = list(type = "cairo")))

options(device = ...) 咒语使警告消失。

knitr 在文档中生成错误，但无论如何都能正确生成图形

knitr generating errors in document but generates figures correctly regardless

r

knitr

r-markdown