包生存中survfit函数产生的生存曲线

Question

我正在使用 R 包 survival 中的 survfit 函数从 coxph 输出的 survfit.coxph 对象创建生存曲线。我有两种创建曲线的方法，它们给出了不同的结果。我相信第一个是正确答案，但我不知道为什么方法 2 不起作用。

library(survival)
set.seed(1234)

## generate small data set
n <- 10
z <- rnorm(n,mean=0.4)
x <- rexp(n,exp(z))
y <- pmin(1,x)
del <- 1*(x < 1)
dat <- data.frame(y,del,z)

## fit cox model
fit <- coxph(Surv(y,del)~z,ties="breslow",data=dat)

## method 1
newdata <- dat[1,]
newdata[1,3] <- 0
out <- survfit(fit,newdata=newdata)
out$surv
##[1] 0.9557533 0.9048870 0.8545721 0.7599743 0.6397022 0.4218647 0.4218647


## method 2, why not same as method 1?
dat[1,3] <- 0
out <- survfit(fit,newdata=dat[1,])
out$surv
##[1] 0.9570757 0.9079589 0.8593546 0.7710287 0.6610956 0.4787354 0.4787354

Answer 1

在这两种方法中，survfit 函数接收两个参数：fit 和 newdata。

在方法 1 中，行 newdata[1,3] <- 0 仅更改对象 newdata 和对象 dat，因此对象 fit 未更改。

相反，在方法 2 中，dat[1,3] <- 0 更改了对象 newdata 和对象 fit。

因此 survfit 函数接收到的 newdata 对象在两种方法中都是相同的，正如 42 正确指出的那样，但 fit 对象不是。
如果你一开始做3个相同的dataframes，你可以看到这个。

dat1 <- data.frame(y,del,z)
dat2 <- data.frame(y,del,z)
dat3 <- data.frame(y,del,z)

## fit cox model
fit <- coxph(Surv(y,del)~z,ties="breslow",data=dat1)

## method 1
newdata <- dat2[1,]
newdata[1,3] <- 0

out <- survfit(fit,newdata=newdata)
out$surv
##[1] 0.9557533 0.9048870 0.8545721 0.7599743 0.6397022 0.4218647 0.4218647


## method 2, same as method 1
dat3[1,3] <- 0
out <- survfit(fit,newdata=dat3[1,])
out$surv
##[1] 0.9557533 0.9048870 0.8545721 0.7599743 0.6397022 0.4218647 0.4218647

包生存中survfit函数产生的生存曲线

survival curves produced by survfit function in package survival

r

survival-analysis

survival