监控 RAM 和 CPU Snakemake 的消耗
Monitoring RAM and CPU consumtion of Snakemake
我想获得 CPU 和 Snakemake 管道随时间的 RAM 使用情况。
我 运行 我的管道在一个 slurm 管理的集群上。我知道Snakemake
包括基准测试功能，但它们只报告图片消耗。
理想情况下，我希望输出文件如下所示：
t CPU RAM
1 103.00 32
2 ... ...
有没有程序可以做到这一点？
谢谢！
不知道有任何程序已经在执行此操作，但您可以通过本机 unix 命令监控 CPU 和 MEM 使用情况，this post 会给出符合您要求的答案。
以下是针对此上下文修改的答案的摘要：
你可以使用这个bash函数
logsnakemake() { while sleep 1; do ps -p -o pcpu= -o pmem= ; done; }
您可以通过修改 sleep 的值来调整记录频率。
要使用 pid=123 记录你的 snakemake 进程，只需在终端中输入：
$ logsnakemake 123 | tee /tmp/pid.log
我在 github 上找到了 Syrupy：ps 解析器 python 中有清晰的文档。
我想获得 CPU 和 Snakemake 管道随时间的 RAM 使用情况。 我 运行 我的管道在一个 slurm 管理的集群上。我知道Snakemake 包括基准测试功能，但它们只报告图片消耗。 理想情况下，我希望输出文件如下所示：
t CPU RAM
1 103.00 32
2 ... ...
有没有程序可以做到这一点？ 谢谢！
不知道有任何程序已经在执行此操作，但您可以通过本机 unix 命令监控 CPU 和 MEM 使用情况，this post 会给出符合您要求的答案。
以下是针对此上下文修改的答案的摘要：
你可以使用这个bash函数
logsnakemake() { while sleep 1; do ps -p -o pcpu= -o pmem= ; done; }
您可以通过修改 sleep 的值来调整记录频率。
要使用 pid=123 记录你的 snakemake 进程，只需在终端中输入：
$ logsnakemake 123 | tee /tmp/pid.log
我在 github 上找到了 Syrupy：ps 解析器 python 中有清晰的文档。