snakemake：从数组写入文件

Question

我有一个数组 xx = [1,2,3]，我想使用 Snakemake 创建一个（空）文件列表 1.txt, 2.txt, 3.txt。

这是我使用的 Snakefile：

xx = [1,2,3]
rule makefiles:
    output: expand("{f}.txt", f=xx)
    run:
        with open(output, 'w') as file:
            file.write('blank')

然而，我的文件夹中并没有出现三个闪亮的新文本文件，而是出现了一条错误消息：

expected str, bytes or os.PathLike object, not OutputFiles

不确定我做错了什么。

Answer 1

迭代output 获取文件名，然后写入它们。参见 relevant documentation here。

rule makefiles:
    output: expand("{f}.txt", f=xx)
    run:
        for f in output:
            with open(f, 'w') as file:
                file.write('blank')

重写上面的规则，通过 defining target files 在 rule all 中并行化：

rule all:
    expand("{f}.txt", f=xx)

rule makefiles:
    output: 
        "{f}.txt"
    run:
        with open(output[0], 'w') as file:
           file.write('blank')

snakemake：从数组写入文件

snakemake: write files from an array

snakemake