使用脚本参数在 Snakemake 中指定 Python 版本

Question

我有一些代码要合并到 Snakemake 管道中。我也希望能够运行独立于Snakemake的代码，所以我想写出灵活的代码。我有一个可以被 Snakemake 读取的配置文件和一个替代配置文件，如果代码在 Snakemake 之外运行将被解析。

我的 Snakemake 文件中的规则具有以下结构：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    script:
        runfile.py

然后在 runfile.py 我测试了脚本是否在 Snakemake 中运行如下：

if 'snakemake' in globals():
    # Get config params from Snakemake
else:
    # Load config params from alternative config file

这很好，除了我在虚拟环境中工作并且我想使用的 Python 版本与 Snakemake 默认使用的版本不同。所以我不得不按如下方式重组规则：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    shell:
        /path/to/python runfile.py

但现在因为我使用的是 shell 而不是 script 我无法访问 python 文件中的 global 参数 'snakemake' .

所以我的问题是

(i) 我可以指定 Python 版本并仍然使用 script 吗？

或

(ii) 我可以使用 shell 但仍然访问脚本中的 'snakemake' 对象，这将允许我测试脚本是否在 Snakemake 中运行管道？

Answer 1

您可以使用 Conda - 它既可以提供对执行上下文的细粒度控制，又可以提高管道的可重复性。参见 Documentation。

首先，您需要一个环境定义 YAML 文件。例如，

envs/py37.yml

channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.7

在该文件中添加您需要的任何其他要求。那么你的规则就是

蛇形文件

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    conda:
        envs/py37.yml
    script:
        runfile.py

最后，您现在需要在启动此作业时使用附加标志 --use-conda，例如，

shell

snakemake --use-conda output_file

Specifying Python version within Snakemake using script parameter