"IndexError: list index out of range" on "import pybel"

"IndexError: list index out of range" on "import pybel"

我正在开发网络应用程序 django，当我安装 openbabel 并尝试导入 pybel 时出现错误

我正在使用一个 venv，当我执行所有这些命令时它被激活

我这样安装 openbabel：

sudo apt-get install python-openbabel

我也试过了:

sudo apt-get install openbabel libopenbabel-dev swig

然后我做了:

pip install openbabel

在那之后，我尝试导入 pybel（在导入 openbabel 之后）

这是实际结果：

>>> import pybel
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 94, in <module>
    descs = _getpluginnames("descriptors")
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 84, in _getpluginnames
    return [x.split()[0] for x in plugins]
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 84, in <listcomp>
    return [x.split()[0] for x in plugins]
IndexError: list index out of range

有什么帮助吗？

正如@Manu mathew 所说，this is a bug，但不在 Python 的 openbabel 包中，而是在它包装的 openbabel C 库中（由openbabel apt 包）。

该错误已在 openbabel/2.3.2+dfsg-3 版本中修复，您的 Ubuntu Xenial（根据您的 Python 版本判断）is not available.

所以你需要升级你的发行版。该修复程序可用 since Bionic，但为了获得最佳效果，请升级到最新的发行版 （请参阅下面的解释）。

除此之外，

  • 安装 python-openbabel apt 包没用 因为 it's for Python 2. A package for Python 3 would be called "python3-openbabel" but there's no such package。所以你必须从 PyPI 安装绑定。
  • 使用 apt-get 全局安装 Python 包并使用 pip 安装到 venv 中是多余的。
    • 如果您使用的是旧发行版，那么当您 link 来自 PyPI 的新绑定包针对您系统上的旧 C 库时，您也会面临可能的破坏。如果绑定包是针对您的本地库构建的，它很可能是为了支持这个版本，但谁知道这个组合经过了多少测试。
  • 所以通常情况下，您应该更喜欢 apt-get 版本的 Python 包，它包装了一个本地 C 库（如果可用的话）. You can make globally installed packages available in a venv by creating it with --system-site-packages。

但由于在这种情况下，没有 apt-get 版本的绑定可用，您必须从 PyPI 安装绑定。在这种情况下，您最好拥有与绑定版本相对应的 C 库版本——即可能是最新的——因为该组合显然已经过广泛测试。