如何在 R drake 中动态生成目标转换的参数？

Question

我想生成一个大型计划，其参数取决于先前计算的目标。这可能吗？

具体来说，我需要以下内容：

drake_plan(
  data = get_data(),
  lots_of_sds = get_sds_from_a_complex_pipeline()
  analysis = target(
    fun(data, mean = mean_val, sd = sd_val),
    transform = cross(mean_val = c(2, 5), sd_val = !!lots_of_sds)
  )
)

问题是尝试此（或类似变体）失败，因为 lots_of_sds 尚未定义，因此转换无法扩展计划。

有没有人遇到过类似的情况？有 ideas/workarounds 吗？

谢谢！我正在使用 drake 7.0.0 和 R 版本 3.5.3

Answer 1

你快到了。您需要做的就是在 drake_plan() 之外预先定义 lots_of_sds，这是使用 !!.

时的标准程序

library(drake)

lots_of_sds <- c(1, 2)

drake_plan(
  data = get_data(),
  analysis = target(
    fun(data, mean = mean_val, sd = sd_val),
    transform = cross(mean_val = c(2, 5), sd_val = !!lots_of_sds)
  )
)
#> # A tibble: 5 x 2
#>   target       command                    
#>   <chr>        <expr>                     
#> 1 data         get_data()                 
#> 2 analysis_2_1 fun(data, mean = 2, sd = 1)
#> 3 analysis_5_1 fun(data, mean = 5, sd = 1)
#> 4 analysis_2_2 fun(data, mean = 2, sd = 2)
#> 5 analysis_5_2 fun(data, mean = 5, sd = 2)

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2019-05-16 创建

lots_of_sds 的值需要在运行 drake_plan() 或 make() 之前已经存在。 drake 的这个限制将很难克服：https://github.com/ropensci/drake/issues/685.

如何在 R drake 中动态生成目标转换的参数？

How to generate arguments to a target transformation dynamically in R drake?

r

drake-r-package