Dcm4che 从本地存档 (dicomdir) 中删除研究

Question

在对 dcm4che3 和 dicom 协议进行一些研究后改写我原来的 post。

我正在使用 dcm4che3 工具包构建一个应用程序，该应用程序本质上是一个简单的 Image Archive 能够按需将研究转发给其他 modalities.The 工具还实现了 s-store scu 服务查询本身以及其他方式。

一个要求是能够"delete"定期从这个本地档案中学习。

我也是 dicom 协议和 dcm4che 的新手，所以我试图了解底层 dicomdir（由 dcm4che-tool-dcmqrscp 使用）的逻辑以及用于删除研究的任何可用服务或方法。

所以我的问题如下：

在 dicom 协议的上下文中，术语是否有效："Delete a study"?
正如我在删除研究（使用该工具）时看到的“dcm4che-tool-dcmdir”，实际发生的是 "delete records referring DICOM files specified by file.. or directory.. arguments from existing directory file by setting its Record In-use Flag = 0"，因此文件保留在文件系统中。
如果我尝试以这种方式删除一项研究（tool-dicomdir 中的 -d 选项），当我使用我的 c-find scu 查询存档时，我可以找到研究。因此，即使 dicomdir 中的记录被标记为不活动，如果我对存档执行 c-find 查询，我仍然可以获取它。
如果我尝试从文件系统中手动删除学习文件，我猜 dicomdir 已损坏。

是否有任何其他方法（或协议的一部分）以一致的方式从 dicomdir 中删除一项研究（永久地从 dicomdir 记录，但如果可能，也从文件系统）？

我用来删除研究的代码（在 dicomdir 中使用类似方法和 -d 选项）是：

public void deleteDicomDir(String studyDir) throws IOException {

        DcmDir1 main = new DcmDir1();

        long start = System.currentTimeMillis();
        LOG.info("$$$ Trying to delete dicomdir: " + studyDir);
        main.open(new File("C:\dicomrouter_dev\dcmrouter_root\dicomdir"));
        main.removeReferenceTo(new File(studyDir));
        main.close();
        long end = System.currentTimeMillis();
        System.out.println();
        System.out.println(MessageFormat.format(
            rb.getString("deleted"),
            num, main.getFile(), (end - start)));
}

"removeReferenceTo()" 方法实际上是在最后调用 DicomDirWritter 方法：

public synchronized boolean deleteRecord(Attributes rec)
            throws IOException {
        if (rec.getInt(Tag.RecordInUseFlag, 0) == INACTIVE)
            return false; // already disabled

        for (Attributes lowerRec = readLowerDirectoryRecord(rec);
                lowerRec != null; 
                lowerRec = readNextDirectoryRecord(lowerRec))
            deleteRecord(lowerRec);

        rec.setInt(Tag.RecordInUseFlag, VR.US, INACTIVE);
        markAsDirty(rec);
        return true;
}

感谢您的宝贵时间，我期待着任何可以声明这一点的信息

实际上，在对 dicom 协议以及 dcm4che 工具包进行了一些研究之后，我能够删除一项研究并同步我的 DICOMDIR，并通过 3 个步骤删除研究（或文件）并使用 Record In-use Flag = 0：

//delete records referring DICOM files specified by <directory:studyDir> arguments from existing directory file <dicomdir> by setting its Record In-use Flag = 0
public void deleteDicomDir(String studyDir) {        
        String dicomdir = "C:\dicomrouter_dev\dcmrouter_root\DICOMDIR";
        DcmDir1 main = new DcmDir1();
        long start = System.currentTimeMillis();
        try {
            LOG.info("$$$ Trying to delete dicomdir: " + studyDir);
            main.open(new File(dicomdir));
            int num = 0;               
            main.removeReferenceTo(new File(studyDir));
            main.close();
            long end = System.currentTimeMillis();
            System.out.println();
            System.out.println(MessageFormat.format(
                rb.getString("deleted"),
                num, main.getFile(), (end - start)));
        } catch (IOException ex) {
            java.util.logging.Logger.getLogger(DcmDir1.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        } finally {
                main.close();
        }        
}


//purge records without file references from directory file <dicomdir> by setting its Record In-use Flag = 0
public void purgeDicomDir() {
        String dicomdir = "C:\dicomrouter_dev\dcmrouter_root\DICOMDIR";
        DcmDir1 main = new DcmDir1();
        long start = System.currentTimeMillis();
        try {
            main.open(new File(dicomdir));
            int num = main.purge();
            main.close();
            long end = System.currentTimeMillis();
            System.out.println(MessageFormat.format(
                rb.getString("purged"),
                num, main.getFile(), (end - start)));
        } catch (IOException ex) {
            java.util.logging.Logger.getLogger(DcmDir1.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        } finally {
                main.close();
        }  
}

//compact existing directory file <dicomdir> by removing records with Record In-use Flag != 0
public void compactDicomDir() {        
        String fpath = "C:\dicomrouter_dev\dcmrouter_root\DICOMDIR";
        File f = new File(fpath);
        File bak = new File(fpath + "~");        
        DcmDir1 main = new DcmDir1();
        long start = System.currentTimeMillis();        
        try {
            LOG.info("$$$ Trying to compact dicomdir: " + fpath);
            main.compact(f, bak);
            long end = System.currentTimeMillis();
            System.out.println(MessageFormat.format(
                rb.getString("compacted"),
                f, bak.length(), f.length(), (end - start)));
        } catch (IOException ex) {
            java.util.logging.Logger.getLogger(DcmDir1.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        } finally {
                main.close();
        }
}

然后我也可以安全地从磁盘中删除文件。

Answer 1

我已经在评论中向您解释过（现已删除）。我还向您指出了讨论相同问题的 this 问题。正如我在评论中所说，这更多的是关于协议而不是工具包。

首先，当您说 "Delete a study" 时，我假设您实际上想从硬盘中删除 DICOM 文件及其在其他（DICOMDIR 或数据库等）位置的引用。

在 DICOM 中无法执行此操作。

DICOM 中的

N-DELETE 命令不是用于此目的。如 this answer, you may attempt Imaging Object Change Management IHE 集成配置文件中所述。我从来没有用过那个；很抱歉，我不能再对此发表评论了。

In the context of dicom protocol is it valid the term: "Delete a study"?

正如我上面所说；没有。

As i can see the "dcm4che-tool-dcmdir" when deleting a study (using the tool), what happens actually is to "delete records referring DICOM files specified by file.. or directory.. arguments from existing directory file by setting its Record In-use Flag = 0" so the files remain on the filesystem.

这似乎很自然。该命令应该只修改 DICOMDIR 以删除文件。它不应从硬盘中删除物理文件。

Even more if i try and delete a study in this way (-d option in tool-dicomdir) when i query the archive with my c-find scu, i can find the study. So even if the record in dicomdir is marked as Inactive if i perform a c-find query to the archive i can still fetch it.

我不知道你的来源是什么C-FIND-RESPONSE。如果它是 DICOMDIR 本身，很可能您在前面的步骤中对其所做的修改没有保存。保存修改，这应该可以工作。但请记住，这仍然不会从物理存储中删除文件。您只是删除了它的引用。

我不是您正在使用的工具包的专家。但是，在您的问题中使用以下代码：

main.open(new File("C:\dicomrouter_dev\dcmrouter_root\dicomdir"));
main.removeReferenceTo(new File(studyDir));
//Check if you need to save the changes here before closing
main.close();

您似乎正在打开 DICOMDIR -- 从中删除目录引用 -- 关闭 DICOMDIR。我不知道 removeReferenceTo 方法的实现；可能是来自 github. If it does not save the changes as well, you have to save the changes explicitly. May be you need to use DicomOutputStream class to do it. I found following sample code here:

FileOutputStream fos = new FileOutputStream(fileOutput +".dcm");
BufferedOutputStream bos = new BufferedOutputStream(fos);
DicomOutputStream dos = new DicomOutputStream(bos);
dos.writeDicomFile(dio);
dos.close();

If i try and delete study files manually from the filesystem i guess that the dicomdir becomes corrupted.

是；那就对了。为避免这种情况，还要相应地修改 DICOMDIR。物理存储和 DICOMDIR 都应处于一致状态。

提案 - 1:

决定应该触发删除的 event/action（C-STORE-SUCCESS 发送到调用应用程序）。您始终知道在您的应用程序中触发了 event/action。
手动或通过 DICOM 外部的一些代码删除文件。
更新底层引用（DICOMDIR、数据库等）以反映此更改（您在问题中所说的 -d 命令）。
保存更改。以防万一您错过了这一步。
验证更改是否反映在参考文献中。运行查询数据库以检查记录。在某些 DICOM Loader/Dump 应用程序中加载 DICOMDIR 并查看相关条目是否消失。
尝试再次查询以查看结果如何。

提案 - 2:

使用 DICOM 命令，实现自定义行为。修改 DICOM 命令的行为（N-DELETE 可能）以执行其他操作。这只有在您可以访问源代码并愿意更改它时才有可能。我个人不推荐这样做，因为：

无论如何这都不是 DICOM。
您可以随时在您的应用程序中实现相同的代码，而不是这样做。

Dcm4che 从本地存档 (dicomdir) 中删除研究

Dcm4che delete study from local archive (dicomdir)

dicom

dcm4che