运行 bash 使用 R Markdown 作为 Cron 作业的脚本

Question

我想尝试如何从 bash 脚本运行ning 作为 Cron 作业从 R markdown 文件呈现 html。我不知道为什么一切正常，除了运行ning 作为 Cron 作业。我做什么：

我的脚本是来自 Rstudio 的演示脚本

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title: "test"
author: "sms"
date: "24 maja 2015"
output: html_document
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This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
summary(cars)
```
etc.

这个脚本在 Rstudio 中没有任何问题。

接下来我尝试运行来自终端的 Rmd 脚本：

Rscript -e "require( 'rmarkdown' ); render('/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd', 'html_document')"

没有任何问题。有效。

所以我创建了bash脚本

#!/bin/bash

Rscript -e "require('rmarkdown'); render('/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd', 'html_document')"

并更改了 chmod 755 test.sh

也很有魅力。

但是当放入 Cron 文件时（管理员和用户）：

28 18 * * * sh /home/sms/Dokumenty/R/test.sh

没用

知道我做错了什么吗？

Answer 1

简化，简化，再简化。

首先，我将其设为 Rscript，可能名为 renderTest.R

#!/usr/bin/Rscript
library(rmarkdown)
setwd("/home/sms/Dokuments/R")
render("test.Rmd")   # I usually use default arguments

其次，使脚本可执行(chmod 0755 renderTest.R)。

三、测试脚本。如果你可以运行像你一样，一个 cron 作业运行ning 你也应该这样做。

第四，添加cronjob 运行ning作为you拥有同样的权利

编辑我刚刚修正了一个从您那里复制的错字：Documents/ 而不是 Documenty/.

Answer 2

我也有同样的问题。

但如果您尝试使用 knitr::knit2html 而不是 rmarkdown::render

，它会起作用

关于为什么

Answer 3

我遇到了同样的问题。问题是因为我运行将 Rscript 设置为 root，但 Rscript 应该运行作为 souza，当前用户。为了解决这个问题，我为用户 souza "sudo crontab -u souza -e" 编辑了 crontab，Rscript 是运行作为 souza 而不是 root。现在正在运行

运行 bash 使用 R Markdown 作为 Cron 作业的脚本

Running bash script as Cron job with R Markdown

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