Rmarkdown 是否允许编织 matplotlib 图？如果是这样，你能帮我解决问题吗？

Question

编辑找到解决方案。

我一直在制作一个 Rmarkdown 笔记本来记录我的 python 学习。在 RStudio 中，我已经能够毫无问题地将包含我的 python 代码的文档编制成 HTML，直到我开始使用 matplotlib 绘制数据。奇怪的是，这些图是在代码块中正确生成的。但是编织后，每次都在80%的时候吐错。

这是我的示例代码：

---
title: "Python Plot"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(reticulate) #Allows for Python to be run in chunks
```


```{python, eval=F}
import numpy as np
trees = np.array(r.trees) #Imported an internal R dataset. It got rid of headers and first row. Don't know how to deal with that right now.
type(trees)
np.shape(trees)
print(trees[1:6,:])

import matplotlib.pyplot as plt
plt.plot(trees[:,0], trees[:,1])
plt.show()
plt.clf() #Reset plot surface
```

再一次，这个情节在块内处理时表现得很好，但没有编织。错误消息说，

"This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin "windows" in ",

Reinstalling the application may fix this problem."

我已经卸载并重新安装了 Rstudio 和 Python 并继续得到相同的结果。我觉得很奇怪，它在块内工作但不编织到 HTML。我的所有其他 python 代码编织得很好。

我有

python 3.7.3（默认，2019 年 3 月 27 日，17:13:21）[MSC v.1915 64 位 (AMD64)]

Rstudio 版本 1.2.1335.

我已经阅读了其他解决方案。我相信 libEGL.dll 与所有其他 QT5*.dll 位于同一位置。

Answer 1

在您的导入库中，您必须安装 PyQT5 并将其导入到您的 Python 环境中。因此，例如，我的第一个块如下所示，# Base Libraries 的第一行是 import PyQt5:

---
title: "Cancellations TS"
author: "Bryan Butler"
date: "7/1/2019"
output:
    html_document:
    toc: false
    toc_depth: 1
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning = FALSE, cache.lazy = FALSE)
```

# <strong>Time Series of Auto Policies</strong> {.tabset .tabset-fade .tabset-pills}


<style>
  .main-container {
    max-width: 1200px !important;
    margin-left: auto;
    margin-right: auto;
  }
</style>

{r, loadPython}
library(reticulate)
use_condaenv('timeseries')


## Load Python
{python importLibaries}

# Base libraries
import PyQt5
import pandas as pd
from pandas import Series, DataFrame
from pandas.plotting import lag_plot


import numpy as np
import pyodbc

Answer 2

我能够运行您的代码并进行一些修改。我将块分解以进行错误检查。你需要import numpy as np，我加了其他的。这是我开始工作的代码。此外，我使用 conda 虚拟环境，因此 Python 环境是准确的。这是有效的：

---
title: "test"
author: "Bryan Butler"
date: "7/2/2019"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(reticulate) #Allows for Python to be run in chunks
use_condaenv('timeseries')
```

```{python import}
import PyQt5
import pandas as pd
from pandas import Series, DataFrame
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
```

```{python, test}
trees = np.array(r.trees) #Imported an internal R dataset. It got rid of headers and first row. Don't know how to deal with that right now.
type(trees)
np.shape(trees)
print(trees[1:6,:])
```

```{python plot}
plt.plot(trees[:,0], trees[:,1])
plt.show()
plt.clf() #Reset plot surface
```

Answer 3

我在 Kevin Arseneau 那里找到了答案。

我不认为这是重复的，因为问题不同，但解决方案适用于这两个问题。

需要的是添加如下代码：

import os
os.environ['QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH'] = '/path/to/Anaconda3/Library/plugins/platforms'

这是我更新后的工作代码。它类似于原始问题，并更新了 Bryan 建议的 python 导入块。

---
title: "Python Plot"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(reticulate) #Allows for Python to be run in chunks
```

```{python import}
import os
os.environ['QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH'] = '/path/to/Anaconda3/Library/plugins/platforms'
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


```{python, eval=TRUE}

trees = np.array(r.trees) #Imported an internal R dataset. It got rid of headers and first row. Don't know how to deal with that right now.
type(trees)
np.shape(trees)
print(trees[1:6,:])


plt.plot(trees[:,0], trees[:,1])
plt.show()
plt.clf() #Reset plot surface
```

Rmarkdown 是否允许编织 matplotlib 图？如果是这样，你能帮我解决问题吗？

Does Rmarkdown allow knitting of matplotlib plots? If so, will you help me troubleshoot?

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