RDKIT：Combine/Add 个粒子

Question

我有一个大环化合物和共价有机笼的数据库，我想在其中添加一个 molecule/ion 到空腔中。我需要通过 RDKIT 来做到这一点。有没有简单的方法来完成这个任务？

例如：

from rdkit import AllChem

guest = [x_value, y_value, z_value]
cage = AllChem.MolFromMolFile('cage_file.mol')

cage_guest = cage+guest (along the lines of)

然后我希望能够以通常的方式操纵 cage_guest。

Answer 1

我认为这在 rdkit 中是不可能的。你应该看看 stk, which uses rdkit for building organic cages. Here 似乎是你需要的系统。

RDKIT：Combine/Add 个粒子

RDKIT: Combine/Add particles

rdkit