加载 nii.zip(压缩)3d 分割文件

Loading nii.zip (compressed) 3d segmentation files

我知道 SimpleITK 可以读取 Nifty (.nii) 格式的 3d 图像,而且它支持 nii.gz 压缩版本。但是,我无法加载 nii.zip 个文件。如果我尝试直接 unzip/extract 这些文件会抛出错误,并且也不会被 SimpleITK 识别为可读格式之一。

参考数据集可在:https://academictorrents.com/details/27772adef6f563a1ecc0ae19a528b956e6c803ce

我刚才下载了相同的数据集,我没有彻底试验它,但这是我的经验:

  1. 我能够成功解压 nii.zip 个文件

    • 我正在使用 Linux Ubuntu 18.04 并从 GUI
    • 预安装解压缩实用程序
    • 您遇到的问题可能是由于使用了不同的存档管理器,或者数据集在下载过程中可能已损坏
    • 解决方案 - 尝试不同的存档管理器并再次下载数据集
  2. 我正在使用 Aliza 查看解压缩的扫描件

    • 根据我快速检查医学图像格式的经验,Aliza viewer 是可以导出为不同格式的最佳程序
  3. 读取压缩文件的解决方法

    • 如果您使用的是 SimpleITK 或(我在 python 中的最爱)Nibabel and want to read the zipped files directly you can refer to these answers how to tackle the problem of reading the files inside the zipped archives - Stack overflow question 1 and Stack overflow question 2