lme4 中的提取器函数功能失常？

Question

我试图理解 R 中 lmer 函数背后的线性代数运算，我在 lecture 上找到了一个看起来很棒的在线资源由 lme4 软件包的创建者 Douglas Bates 提供。

该示例处理数据集 Dyestuff 并调用混合效应模型如下：

fm1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1 | Batch), Dyestuff)

以下幻灯片包含用于提取随机效应的基础矩阵的代码行，例如：

efm1 <- expand(fm1)
efm1$S
6 x 6 diagonal matrix of class "ddiMatrix"

#       [,1]      [,2]    [,3]    [,4]    [,5]    [,6]
[1,]  0.84823       .       .       .       .       .
[2,]       .  0.84823       .       .       .       .
[3,]       .       .  0.84823       .       .       .
[4,]       .       .       .  0.84823       .       .
[5,]       .       .       .       .  0.84823       .
[6,]       .       .       .       .       .  0.84823

并且，

efm1$T6 x 6 sparse Matrix of class "dtCMatrix"
[1,] 1 . . . . .
[2,] . 1 . . . .
[3,] . . 1 . . .
[4,] . . . 1 . .
[5,] . . . . 1 .
[6,] . . . . . 1

或者，

(fm1S <- tcrossprod(efm1$T %*% efm1$S))

6 x 6 sparse Matrix of class "dsCMatrix"

[1,] 0.71949 .       .       .       .       .
[2,] .       0.71949 .       .       .       .
[3,] .       .       0.71949 .       .       .
[4,] .       .       .       0.71949 .       .
[5,] .       .       .       .       0.71949 .
[6,] .       .       .       .       .       0.71949

然而，当我尝试运行 R 上的同一行代码时，我收到以下错误消息：

efm1 <- expand(fm1)

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘expand’ for signature ‘"lmerMod"’

不足为奇，

efm1$S
Error: object 'efm1' not found

执行 ?expand 将此函数标识为仍然存在，并且似乎意味着生成矩阵分解，例如 LU 或 RQ。

上网一搜，发现Douglas现在用的是Julia（下一个统计语言能不能有个不太靠谱的名字？不，不是"Pied Pier"!对不起，我跑题了...)。

我做错了什么？ lme4 现在是孤儿和腐烂了吗？幻灯片中有错字吗？

Answer 1

您正在查看非常旧的幻灯片。

包的线性混合模型功能的完整描述，包括内部表示的详细信息，是 on arxiv, in press in J. Stat. Software (a reference to this information is also in the citation information for the package on CRAN)。（我们仍在撰写描述 GLMM 功能的论文。）
getME()函数是当前推荐的访问模型信息的方法。
lme4 仍在相当活跃的开发中 on github。
Doug Bates确实对building mixed model frameworks in Julia now更感兴趣，但他还是会在一定程度上参与lme4维护

notation/internal 表示有些变化，但是从内部信息重建方差-协方差矩阵可以如下进行（内部 Lambdat 相当于旧的 t(T %*% S)表示法）。

library("lme4")
fm1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1 | Batch), Dyestuff)
crossprod(getME(fm1,"Lambdat"))

lme4 中的提取器函数功能失常？

Extractor Functions in lme4 Misfunctioning?

r

lme4