如何使用另一个带循环的作业提交连续的 bash 个作业

Question

我必须阶段（使用 shapeit 软件）29 条染色体，所以如果一个可以发送一个调用另一个的作业，文件的名称是相同的，只是改变染色体编号，那就太好了。示例 phase.sh

#!/bin/bash
shapeit \
-P chr_1.ped chr_1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O chr_1.phased

我需要类似其他工作的东西来调用它

#!/bin/bash
for chr 1...29 
sbatch --phase.sh 
done

非常感谢

Answer 1

您的 phase 脚本可以这样更改：

#!/bin/bash
shapeit \
-P .ped .map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O .phased

你可以这样调用它：

#!/bin/bash
for chr in $(seq 1 29)
do
phase.sh chr_$chr
done

Answer 2

假设您可以将第一个脚本更改为

#!/bin/bash
shapeit \
  -P "".ped "".map \
  --duohmm \
  --rho 0.01 \
  -O "".phased

并称它为sbatch（或者是phase.sh？），然后你可以用

来称呼它

for chr in {1..29}; do
  sbatch --phase.sh "chr_$chr"
done

当然，更好的设计可能是将第一个脚本更改为运行对您传递的参数进行循环；

for chr; do
  shapeit \
    -P "$chr".ped "$chr".map \
    --duohmm \
    --rho 0.01 \
    -O "$chr".phased
done

然后像这样称呼它

thatscript chr_{1..29}

How to submit consecutive bash jobs using another job with a loop