使用 Vlnplot 更改 y 限制（尤其是最小值）

Question

我想根据我的单细胞数据绘制小提琴图。

我正在使用这个功能：

Vlnplot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1)

但我想将 y 轴更改为 3000-10000 而不是 0-70000。

他们只建议改变 y 最大值而不是平均值

有人知道怎么做吗？

Answer 1

SeuratR包中的VlnPlot函数使用ggplot2绘制小提琴图。这意味着我们可以使用 scale_y_continuous.

修改 y 轴

在您的情况下，要将小提琴图的 y 轴更改为 3000-10000，我们会这样写：

VlnPlot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1) + scale_y_continuous(limits = c(3000,10000))

为了向您展示一个可重现的示例，我们可以使用 Seurat 包中的 pbmc_small 数据集绘制小提琴图：

VlnPlot(pbmc_small, "CD3E")

上图的默认轴为 0 到 6.3 左右。这是使用 scale_y_continuous 更改 y 轴后同一图的样子，其中我在 0 和 3 之间放大：

VlnPlot(pbmc_small, "CD3E") + scale_y_continuous(limits = c(0,3))

Seurat 包中的许多其他可视化也使用 ggplot2，因此您可以使用各种 ggplot2 命令（主题、轴标签、颜色等）对它们进行各种类型的修饰更改

Change the y limits ( especially the minimum) with Vlnplot