Shinyapp.io 读取每 5 分钟更新一次内容的本地文件

Question

我的 shiny 应用每 5 分钟就会从我桌面上的本地文件中读取内容，因为该文件的内容也每 5 分钟更新一次。我闪亮的应用程序基本上读取新内容并将数据附加到现有数据框，并每 5 分钟绘制一次新内容。

问题: 最后，我想在线托管这个。如果我在 shinyapps.io 上托管它，我是否仍然能够在我的桌面上读取每 5 分钟更新一次的本地文件？如果没有，我该怎么办？

Answer 1

我在 shinyapps.io 上没有丰富的闪亮部署经验但我会尽量保持一般性，因为 possible.The 主要限制在于无法安排 CRON 作业从您的机器按计划。因此，我会考虑以下几点：

使用 CRON 作业每 5 分钟将您的数据推送到存储提供商（以 Dropbox 为例）
在闪亮的仪表板中获取数据。

下面您可以找到有关 Dropbox 和 Google Drive 的几个示例，但您可以轻松地将几乎相同的概念应用于 AWS 和 GCP（尽管您必须 fiddle 传递秘密或加密您的身份验证令牌）。

Dropbox 示例

rdrop2 为 Dropbox API 提供了一个易于使用的包装器。您可以在下面找到一个关于如何从帐户推送和检索文本文件的简单示例（来自 rdrop2 自述文件）。

library(rdrop2)

# Authenticate and save token for later use2
token <- drop_auth()
saveRDS(token, "~/dropbox_token.rds")

# Create a folder
drop_create('upload_test')
# You can also create a public folder if data is not sensitive
# drop_create('public/upload_test')

# Upload the file in the freshly created folder
drop_upload("~/mtcars.csv", path = "upload_test")

## Retrieveing your file is as simple as
drop_download("upload_test/mtcars.csv", local_path = "~/new_file.csv")

在 Shiny 中实现它

在 Shiny 中应用上述示例的最简洁的方法是放置数据采集在 global.R 文件中，该文件将在运行:
之前导入您的 Shiny 应用程序 global.R:

library(rdrop2)

# Authenticate and save token for later use2
token <- drop_auth(rdstoken = "dropbox_token.rds")

# Retrieveing your file is as simple as
drop_download("upload_test/mtcars.csv", local_path = "data.csv",
              overwrite = TRUE)
drop_df <- read.csv("data.csv", sep = ",")

print("Downloaded and imported data!")

您的 app.R 文件将如下所示：

library(shiny)
source("global.R")

ui <- fluidPage(

    # Application title
    titlePanel("Pulling data from Dropbox"),

    mainPanel(
       tableOutput("df_output")
    )
)

server <- function(input, output) {

    output$df_output <- renderTable({
        drop_df
    })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

部署到 shinyapps

然后您可以像往常一样部署您的应用程序（包括授权令牌）。

正在安排数据上传

由于您的数据在本地计算机上每 5 分钟刷新一次，因此需要它有一个具有该节奏的上传时间表。在这里我将使用 cronR 包但是在 Linux 上使用 crontab 就可以了。

library(cronR)

cron_add(source("data_upload.R"), frequency = "*/5 * * * *", 
         description = "Push data to Dropbox")

`plumber` api

正如@Chris 提到的，调用 API 可能是一种选择，尤其是在 R 脚本和 Shiny 仪表板之外需要数据的情况下。您可以在下面找到一个短端点，可以调用它来检索 csv 格式的数据。 Shinyapps.io 不支持托管 plumber api，因此您必须将其托管在您最喜欢的云提供商上。

library(plumber)
library(rdrop2)

#* @apiTitle Plumber Example API

#* Echo dropbox .csv file
#* @get /get-data
function(req, res) {
  auth_token <- drop_auth(rdstoken = "token.rds")

  drop_download('upload_test/mtcars.csv', dtoken = auth_token,
                local_path = "mtcars.csv", overwrite = TRUE)

  include_file("mtcars.csv", res, 'text/csv')
}

构建并启动服务：

r <- plumb("plumber.R")  
r$run()

Shinyapp.io 读取每 5 分钟更新一次内容的本地文件

Shinyapp.io to read a local file that update its content every 5 minutes

r

shiny

shinyapps

Dropbox 示例

在 Shiny 中实现它

部署到 shinyapps

正在安排数据上传

plumber api

`plumber` api