如何使用 rdkit 在 Python 中确定任何分子的链烷烃 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

Question

我正在尝试使用 Python 中的 rdkit 包来确定任何分子中石蜡基团的数量。最初我开始确定石蜡 CH3 基团，我必须将其扩展到石蜡 CH2 和石蜡 CH 基团。

在 MWE 中，我试图通过匹配的子结构来确定这一点，但它没有按预期工作。我也尝试为此搜索 Fragments 函数，但它不可用。

如何确定 Python 中具有 rdkit 的任何分子的链烷烃 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

MWE

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors, Draw, Fragments

smiles_n_decane = 'CCCCCCCCCC'
smiles_branched = 'CCC(C)(C)C(C)CC(C)(C)C'
smiles_carboxylic_acid = 'C1=CC=C2C(=C1)C(C3=CC=CC=C3O2)C(=O)O' # Xanthene-9-carboxylic acid

m =  Chem.MolFromSmiles(smiles_branched)

print m.HasSubstructMatch(Chem.MolFromSmiles('[CH3]'))
print Fragments.fr_Al_COO(m)

问题示例

对于下面给出的分子（2,2,4,5,5-五甲基庚烷）：

代码应该给我以下输出：

没有。 CH3 组数：7
没有。 CH2 组数：2
没有。 CH 组数：1

Answer 1

您应该使用 SMARTS 进行子结构查询。此外，如果查询匹配 HasSubstructMatch()：

，GetSubstructMatches() 将 return 所有子结构匹配，而不仅仅是 return 布尔值

ch3 = Chem.MolFromSmarts('[CH3]')
ch2 = Chem.MolFromSmarts('[CH2]')
ch1 = Chem.MolFromSmarts('[CH]')

print("no. of CH3 groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch3)))
print("no. of CH2 groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch2)))
print("no. of CH groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch1)))

[Out]:
no. of CH3 groups: 7
no. of CH2 groups: 2
no. of CH groups: 1

如何使用 rdkit 在 Python 中确定任何分子的链烷烃 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

How can I determine the number of paraffinic CH3, CH2 and CH groups for any molecule with rdkit in Python?

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