在 R 中期望 2 x 2 的比值比

Question

优势比在 R 中预期为 2 x 2。看来我创建了一个 2 x 2 table...嗯，甚至 prop.table() 显示数据为 2 x 2 table，那么什么优势比函数适用于我的 table？

数据：

nausea_yes <- c(98, 161, (98-161))
nausea_no <- c(264, 280, (264-280))

Table形成OK:

tbl <- table(nausea_yes, nausea_no)
tbl.prop <- prop.table(tbl, margin=1)

          nausea_no
nausea_yes -16 264 280
       -63   1   0   0
       98    0   1   0
       161   0   0   1

问题代码：

library(mosaicCore)
nausea_yes <- c(98, 161, (98-161))
nausea_no <- c(264, 280, (264-280))
tbl <- table(nausea_yes, nausea_no)
tbl.prop <- prop.table(tbl, margin=1)
odds_ratio <- mosaic::oddsRatio(tbl.prop, verbose = TRUE)

错误：

Error in orrr(x, conf.level = conf.level, verbose = verbose, digits = digits, : expecting something 2 x 2

Answer 1

根据?oddsRatio

This function calculates the odds ratio and relative risk for a 2 x 2 contingency table and a confidence interval (default conf.level is 95 percent) for the each estimate. x should be a matrix, data frame or table.

The odds ratio is calculated as (Odds row 2) / (Odds row 1)

在 OP 的示例中，它是 3 x 3 table/matrix 而不是 2 x 2

如果是 2 x 2 矩阵，应该可以

nausea_yes <- c(98, 161)
nausea_no <- c(264, 280)
mosaic::oddsRatio(cbind(nausea_yes, nausea_no))
#[1] 1.54898

Answer 2

您应该使用 cbind 创建 2x2 table，而不是 table。然后你可以使用 fisher.test 来获得优势比，空值等于 1（没有区别）。

nausea_yes <- c(98, 161)
nausea_no <- c(264, 280)
tbl <- cbind(nausea_yes, nausea_no); tbl
#     nausea_yes nausea_no
#[1,]         98       264
#[2,]        161       280

fisher.test(tbl)
#Fisher's Exact Test for Count Data

#data:  tbl
#p-value = 0.004974
#alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
#95 percent confidence interval:
# 0.4712971 0.8827141
#sample estimates:
#odds ratio 
#  0.645947

解释很复杂，因为我们不知道行名称，但我相信您知道。我们只能说第一行的赔率 "nausea_yes" 低于第二行。如果第一行代表一个治疗组，那么我们可以说治疗组中恶心的几率明显较低。

请注意，table 函数用于对原始数据进行制表以获得频率计数。但由于您已经获得了频率计数，因此无需在此处使用 table。只需将计数与 cbind（或 rbind）相结合即可。

在 R 中期望 2 x 2 的比值比

oddsratio expecting 2 x 2 in R

r

contingency