specutils fit_generic_continuum 在 Spectrum1D 上使用时出现 TypeError

Question

我正在尝试将通用连续谱拟合到我的光谱中以对其进行归一化（我意识到这对于复杂的光谱来说不是一个很好的方法，但似乎无法找到一个好的连续谱归一化例程用于光谱Python，所以如果你知道请告诉我！！）。

这是我的代码。 w 是波长阵列，f 是通量阵列（这只是导入的数据）：

from astropy.modeling import models
from astropy import units as u

from specutils import Spectrum1D, SpectralRegion
from specutils.fitting import fit_generic_continuum

spectrum = Spectrum1D(spectral_axis=w*u.Angstrom, flux=f*u.Jy)

g1_fit = fit_generic_continuum(spectrum)

f_continuum_fitted = g1_fit(w*u.Angstrom)

spec_normalized = spectrum / f_continuum_fitted

现在，这在我最近更新 astropy 和 specutils 之前起作用了。但是现在，我突然在 g1_fit = fit_generic_continuum(spectrum) 行得到一个 TypeError: 'int' object is not callable。我已经尝试卸载并重新安装 specutils，但仍然出现相同的错误。我也试过将频谱重命名为其他名称。

fit_generic_continuum 更新中有新内容吗？还是我遗漏了什么？

提前致谢！！

我使用的是 astropy 4.0.1 版和 specutils 0.6 版

完整错误：

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-b277c08fb857> in <module>
     14 spectrum = Spectrum1D(spectral_axis=w*u.Angstrom, flux=f*u.Jy)
     15 
---> 16 g1_fit = fit_generic_continuum(spectrum)
     17 
     18 f_continuum_fitted = g1_fit(w*u.Angstrom)

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/continuum.py in fit_generic_continuum(spectrum, median_window, model, fitter, exclude_regions, weights)
     55     #
     56 
---> 57     return fit_continuum(spectrum_smoothed, model, fitter, exclude_regions, weights)
     58 
     59 

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/continuum.py in fit_continuum(spectrum, model, fitter, exclude_regions, window, weights)
     95     #
     96 
---> 97     continuum_spectrum = fit_lines(spectrum, model, fitter, exclude_regions, weights)
     98 
     99     return continuum_spectrum

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/fitmodels.py in fit_lines(spectrum, model, fitter, exclude_regions, weights, window, **kwargs)
    358         fit_model = _fit_lines(spectrum, model_guess, fitter,
    359                                exclude_regions, weights, model_window,
--> 360                                ignore_units, **kwargs)
    361 
    362         fitted_models.append(fit_model)

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/fitmodels.py in _fit_lines(spectrum, model, fitter, exclude_regions, weights, window, ignore_units, **kwargs)
    474 
    475     model_unitless, dispersion_unitless, flux_unitless = \
--> 476         _strip_units_from_model(model, spectrum, convert=not ignore_units)
    477 
    478     #

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/fitmodels.py in _strip_units_from_model(model_in, spectrum, convert)
    602     #
    603 
--> 604     compound_model = model_in.n_submodels() > 1
    605 
    606     if not compound_model:

TypeError: 'int' object is not callable

Answer 1

我没有解决您的代码问题的方法，但由于您要求提供规范化例程的建议，我可以帮助您解决这个问题。我使用基于 Python 的 linetools 包。其中有一个例程 "lt_continuumfit" 可以很好地标准化连续体。这就是我现在用于规范化的全部内容。它非常易于安装和使用，并且还有许多其他功能（重组、速度图、拼接等）。 https://linetools.readthedocs.io/en/latest/

specutils fit_generic_continuum 在 Spectrum1D 上使用时出现 TypeError

specutils fit_generic_continuum giving TypeError when used on Spectrum1D

python

typeerror

astropy