在没有 conda 的情况下为 macos 导入 o​​penbabel 包装器 pybel

Question

之前我问过如何安装 openbabel for macos 。现在我还需要安装 openbabel python 包装器 pybel。我试过 pip install pybel 并且它已安装。然后，当我学习教程时，

import openbabel
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "CCCC")

我收到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: module 'pybel' has no attribute 'readstring'

事实证明其他人也有类似的问题，事实上我在 mailing list 中发现，我引用

'I guess you installed pybel via pip install pybel, which is the "wrong" pybel'

然后他们给出的解决方案是pip install openbabel，这对于macos是不可能的。

是使用 conda 安装 openbabel，但我没有使用 conda，我想保持这种状态，所以我正在寻找不需要 [=15] 的解决方案=].

Answer 1

我也有同样的问题。它适用于以下代码：

from openbabel import pybel
mymol = pybel.readstring("smi","CCN(CC)CC")
mymol

Answer 2

我找到了解决方案，您可以 brew install open-babel 然后给出 python 站点包的自制库的路径。对我来说，以下作品：

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')

那你可以

import openbabel
from openbabel import pybel

等等。