旧版 Cytoscape 属性格式未导入
Legacy Cytoscape Attributes Format not importing
在此处阅读文档第 8.2 节:http://manual.cytoscape.org/en/stable/Node_and_Edge_Column_Data.html
文档指出 cytoscape 3.8 仍然支持遗留属性格式。我有以下格式的遗留属性文件:
LinkerHeats
PKC = 0.05283780217268941
CDKN1B = 0.9230103703466229
RAS = 0.001407567832956147
BRCA1 = 0.0005058090659030887
然而,当我尝试使用 File -> Import -> Table from file...
导入文件时,我无法找到让 cytoscape 识别除单个列之外的任何内容的方法,并且它会抛出错误:
Table must have more than one column. Please check the selected delimeters and columns.
显示导入对话框:
我可以手动将文件转换为 CSV 文件并导入,但需要转换实用程序有点烦人,因为文档建议这应该有效。
我不确定为什么,但我能够通过删除文件的第一行(例如列标签)并使用“=”作为分隔符来导入该文件。显然,您必须在导入之前重命名该列,但我无需转换就可以让它工作。文档显然是错误的,我们将确保删除该评论,因为我认为我们在几个版本前清理我们的文件菜单时删除了对该格式的支持。
-- 滑板车
在此处阅读文档第 8.2 节:http://manual.cytoscape.org/en/stable/Node_and_Edge_Column_Data.html
文档指出 cytoscape 3.8 仍然支持遗留属性格式。我有以下格式的遗留属性文件:
LinkerHeats
PKC = 0.05283780217268941
CDKN1B = 0.9230103703466229
RAS = 0.001407567832956147
BRCA1 = 0.0005058090659030887
然而,当我尝试使用 File -> Import -> Table from file...
导入文件时,我无法找到让 cytoscape 识别除单个列之外的任何内容的方法,并且它会抛出错误:
Table must have more than one column. Please check the selected delimeters and columns.
显示导入对话框:
我可以手动将文件转换为 CSV 文件并导入,但需要转换实用程序有点烦人,因为文档建议这应该有效。
我不确定为什么,但我能够通过删除文件的第一行(例如列标签)并使用“=”作为分隔符来导入该文件。显然,您必须在导入之前重命名该列,但我无需转换就可以让它工作。文档显然是错误的,我们将确保删除该评论,因为我认为我们在几个版本前清理我们的文件菜单时删除了对该格式的支持。
-- 滑板车