在 r 中使用 geom_violin() 可视化矩阵

Question

我有一个相关矩阵 (200x200)，形式为：

 >cormat

          n1              n2              n3  
 n1    1.000000000   0.132555050     0.009169320    
 n2   -0.121419322   1.000000000    -0.174995204    
 n3   -0.259331076  -0.171652163     1.000000000

等等

我想使用 单小提琴图 可视化数据框中列之间相关性的分布，为此矩阵已创建。输入此代码后：

 ggplot()+geom_violin(aes(c(cormat[1:200,]), c(cormat[,1:200])))

我得到了：

这是可能的结果吗？有没有更好的方法来使用 geom_violin() 绘制矩阵？

Answer 1

这将有助于使一些东西更具代表性：

library(ggplot2)

set.seed(69)
df <- data.frame(a = 1:10, b = 1/33 * 1:10 + rnorm(10), c = -(1:10) * 0.1 + rnorm(10),
                 d = 1/5 * 1:10 + rnorm(10), e = rnorm(10))
cormat <- cor(df)

现在在你的例子中，由于 cormat 是 500 平方，c(cormat[1:500,]) 与 c(cormat[,1:500]) 相同，它们都与 c(cormat) 相同，即只是 cormat 展开成一个 250,000 长度的向量。您的图实际上只是所有相关值的密度图。我不确定这有多大用处：

ggplot() + geom_violin(aes(c(cormat), c(cormat)))

您可以将所有相关性分别绘制为小提琴图：


plot_df <- reshape2::melt(cormat)
ggplot(data = plot_df) + geom_violin(aes(Var1, value, fill = Var1))

但这对 500 个变量不起作用。

表示这么大的相关矩阵的更标准方法是相关图，例如：

ggplot(plot_df) + geom_tile(aes(Var1, Var2, fill = value))

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-07-12 创建

在 r 中使用 geom_violin() 可视化矩阵

Visualize a matrix using geom_violin() in r

r

violin-plot