Snakemake 将 conda 激活命令更改为 'conda activate'

Question

我想在我的托管环境中使用带有fish shell和conda环境的snakemake（基本上我没有root权限，默认的shell无法更改）。

我在 .bashrc:

中使用这个技巧将 fish 设置为 'default' shell

if [ "$REALBASH" != "1" ]; then
  case "$-" in
  *i*)
    export SHELL=/usr/bin/fish
    tty > /dev/null && echo "Your ~/.bashrc is switching interactive SHELL to $SHELL"
    [ -x $SHELL ] && exec $SHELL "$@"
    echo "Apparently $SHELL is not available here. Continuing with bash."
    export SHELL=/bin/bash
  ;;
  esac
fi

还有一个命令 realbash 设置环境变量 REALBASH=1 来绕过这个 hack。

我设法让 conda 使用与 fish 一起工作，但它的缺点是在 fish 中激活 conda 环境的命令与 bash 不同。在bash中，命令是source activate ...，在fish中是conda activate ...。

激活环境在 bash 使用 source activate ... 和鱼使用 conda activate ... 都有效。

当我现在从 fish 执行 snakemake 时，出现以下错误：

Activating conda environment ...
source: Error encountered while sourcing file “activate”:
source: No such file or directory

如果我从 bash 执行 snakemake，也会出现同样的错误。

如果我通过 snakemake --overwrite-shellcmd realbash 从 bash 执行 snakemake，我会得到同样的错误并最终进入由 snakemake 打开的 bash shell。只有在键入 exit 之后，snakemake 才会完成（但当然没有成功）。如果我通过 snakemake --overwrite-shellcmd realbash 从 fish 执行 snakemake，也会发生同样的行为。

我对 --overwrite-shellcmd 的行为感到困惑，有没有办法让我的 hack 起作用？否则，我可以将 snakemake 配置为调用 conda activate 而不是 source activate 吗？或者还有其他解决方案吗？

Answer 1

显然这是旧版本 snakemake 中的错误。问题中描述的效果是用 snakemake 4.3.1.

产生的

运行 snakemake 来自安装了 snakemake 5.17.0 的 conda 环境，与问题中描述的设置完美配合。不需要 --overwrite-shellcmd 或其他更改。

Snakemake 将 conda 激活命令更改为 'conda activate'

Snakemake change conda activation command to 'conda activate'

bash

fish

conda

snakemake