Groovy 平面地图中的字符串操作

Question

我正在为恰好使用 groovy 的 Nextflow 工作流程编写一些代码。

我有一个 JSON 配置文件，其中包含这些参数：

"barcodes": {
    "004F--004R": {
        "laa_params": {
            "--minLength": "5000",
            "--ignoreEnds": "60",
            "--maxReads": "2500",
            "--maxPhasingReads": "500"
        }
    },
    "014F--014R": {
        "laa_params": {
            "--minLength": "5000",
            "--ignoreEnds": "60",
            "--maxReads": "2500",
            "--maxPhasingReads": "500"
        }
    },

而我需要做的是制作 barcode:laa_params 的地图。目前我通过：

transform_barcodes = barcodes.flatMap { it ->  [it] }
results = transform_barcodes.flatMap { it ->  [ [it, analysis_config.barcodes[it].laa_params] ] }

这给了我这些结果：

DataflowQueue(queue=[DataflowVariable(value=[004F--004R, {--minLength=5000, --ignoreEnds=60, --maxReads=2500, --maxPhasingReads=500}]), DataflowVariable(value=[014F--014R, {--minLength=5000, --ignoreEnds=60, --maxReads=2500, --maxPhasingReads=500}]),...

我最终需要的是：

[004F--004R, {--minLength 5000, --ignoreEnds 60, --maxReads 2500, --maxPhasingReads 500}]

我怎样才能做到这一点？我是 groovy 的新手，但可能只是在地图上做一个 for 循环并将 = 替换为“”？如有任何帮助，我们将不胜感激！

Answer 1

def json = '''
{
    "barcodes": {
        "004F--004R": {
            "laa_params": {
                "--minLength": "5000",
                "--ignoreEnds": "60",
                "--maxReads": "2500",
                "--maxPhasingReads": "500"
            }
        },
        "014F--014R": {
            "laa_params": {
                "--minLength": "5000",
                "--ignoreEnds": "60",
                "--maxReads": "2500",
                "--maxPhasingReads": "500"
            }
        }
    }
}
'''
json = new groovy.json.JsonSlurper().parseText(json)
def plainMap = json.barcodes.collectEntries{k0,v0-> [k0, v0.laa_params.collect{k1,v1-> "$k1 $v1" }.join(' ') ]}

plainMap.each{k,v-> 
    println "$k :: $v"
}

打印

004F--004R :: --minLength 5000 --ignoreEnds 60 --maxReads 2500 --maxPhasingReads 500
014F--014R :: --minLength 5000 --ignoreEnds 60 --maxReads 2500 --maxPhasingReads 500

Groovy 平面地图中的字符串操作

Groovy string manipulation in flat map

groovy

dictionary

nextflow