与坡度面积的相关图

Question

我有按年龄累积的突变数量和给定年龄的突变中位数，如下所示

> dput(head(data))
structure(list(Age = c(44, 44.8, 47.5, 48.1, 48.8, 50.2), Mutations = c(326.2411348, 
218.7943262, 882.9787234, 361.7021277, 901.0638298, 742.1985816
), Age.group = c(40L, NA, NA, NA, NA, 50L), Median.of.mutation.per.age.group = c(576.2411348, 
NA, NA, NA, NA, 374.4680851)), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")
>

我想要这样的情节

其中每个点代表给定年龄（如 40、50、60、70 岁）个体的突变中位数。红线和绿线显示斜率的最佳估计值（即随时间累积的突变）；斜率的 95% 置信区间以浅绿色和浅红色阴影显示。

我试过了

cor.test(c(40,50,60,70),c(576.2411348,374.4680851,352.8368794,425.5319149))

    Pearson's product-moment correlation

data:  c(40, 50, 60, 70) and c(576.2411348, 374.4680851, 352.8368794, 425.5319149)
t = -1.0812, df = 2, p-value = 0.3927
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -0.9903522  0.8497519
sample estimates:
       cor 
-0.6073455

这与我真正需要的相去甚远

有什么帮助吗？

Answer 1

您可以在 ggplot2 包中使用 geom_smooth()。

ggplot(data, aes(x = Age, y = Mutations)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(method = "lm")

您可以将其他参数传递给 geom_point() 和 geom_smooth() 以控制它们的行为。您还可以通过许多其他方式自定义 ggplot 对象。寻找有关如何执行此操作的 ggplot 教程。

与坡度面积的相关图

Correlation plot with slop area

plot

r

linear-regression

confidence-interval

correlation