生成和编码方案

Question

我有一个如下所示的数据框：

df <- data.frame(id= rep(seq(1:125),3),
  timpoint= c(rep("T1", 125), rep("T2", 125), rep("T3", 125)),
                 treatment=c(rep("A",25),rep("B",25),rep("C",25),rep("D",25),rep("E",25)))
interaction.col <- paste(df$timpoint, df$treatment, sep = "_")  

df <- cbind(df, interaction.col)

我正在尝试为交互列生成总和编码方案，该列是前两列的组合。根据 this 论文，我应该得到 (a−1)×(b−1) 列和 n 行的矩阵（在本例中为 375）

我已经阅读了有关使用对比的内容：

 contrasts(df$interaction.col) <-  "contr.sum"
     df.c <- contrasts(df$interaction.col)

但是，不知何故输出是 15x14 矩阵，而它应该是 375x8。此外，只有最后一行设置为 -1，这不应该是这种情况。对于最后一次治疗 (E) 的所有 ID，交互列应针对相应的时间点设置为 -1。对于所有列，治疗组 E 中的最后一个 ID 都应为 -1。我在这里做错了什么？

Answer 1

根据您感兴趣的效果以及拟合模型的方式，您最终会得到不同数量的效果。例如，在拟合主效应和交互效应的情况下，最终应该有 8 列用于交互，即 (a-1) x (b-1)。如果您不符合主效应，您最终会得到 a*b - 1:

创建矩阵的方法如下：

主要影响：

model.matrix(~treatment * timpoint, df, list(treatment = contr.sum, timpoint=contr.sum))

在这种情况下，最后 8 列是您感兴趣的

没有主效应：

model.matrix(~treatment:timpoint, df, list(treatment = contr.sum, timpoint=contr.sum))

生成和编码方案

generating a sum coding scheme

encoding

r

主要影响：

没有主效应：