在 PyIron 中直接包含 lammps 命令
direct inclusion of lammps commands in PyIron
我想在模拟箱的非周期方向上施加反射BC。为此我需要使用 fix wall/reflect
有什么方法可以直接将此命令包含在 PyIron 中吗？
此致
wall/reflect 目前 pyiron 本身不支持，但如果你知道 LAMMPS 命令，你可以通过以下方式包含它：
job.input.control['fix___fixname'] = 'all wall/reflect xlo EDGE xhi EDGE'
（我在你分享的 LAMMPS 页面上拿了第一个例子）。如果你的LAMMPS输入不是太复杂，这个pyiron应该可以把这个命令放在合适的位置。
如果您只想插入一个修复程序，Sams 的解决方案绝对是最简单的方法。但是你甚至可以在 pyiron 中加载完整的 LAMMPS 脚本，这里是一个例子：
https://github.com/jan-janssen/pyiron-free-energy/blob/master/free_energy.ipynb
重要的部分是保持 read_data structure.inp 和 include potential.inp 使用 pyiron 定义的结构和原子间势。最后，如果您还复制 dump、dump_modify 和 thermo 部分，您可以使用 pyiron 解析器，否则您可以自己解析输出，就像我在上面的示例中演示的那样。
我想在模拟箱的非周期方向上施加反射BC。为此我需要使用 fix wall/reflect
有什么方法可以直接将此命令包含在 PyIron 中吗？
此致
wall/reflect 目前 pyiron 本身不支持，但如果你知道 LAMMPS 命令，你可以通过以下方式包含它：
job.input.control['fix___fixname'] = 'all wall/reflect xlo EDGE xhi EDGE'
（我在你分享的 LAMMPS 页面上拿了第一个例子）。如果你的LAMMPS输入不是太复杂，这个pyiron应该可以把这个命令放在合适的位置。
如果您只想插入一个修复程序，Sams 的解决方案绝对是最简单的方法。但是你甚至可以在 pyiron 中加载完整的 LAMMPS 脚本，这里是一个例子： https://github.com/jan-janssen/pyiron-free-energy/blob/master/free_energy.ipynb
重要的部分是保持 read_data structure.inp 和 include potential.inp 使用 pyiron 定义的结构和原子间势。最后，如果您还复制 dump、dump_modify 和 thermo 部分，您可以使用 pyiron 解析器，否则您可以自己解析输出，就像我在上面的示例中演示的那样。