Snakemake 运行规则顺序

Question

我正在使用 snakemake 运行我的管道。

rule fisrt_rule:
    input: "{sample}/path/to/{sample}.txt"
    output: "{sample}/path/to/{sample}.stat"
    shell:
        """
        do something
        """
        
rule next_rule:
    input:
        folder="{sample}/path/to/",
    output:
        raw="{sample}/path/to/{sample}.raw.txt"
    shell:
        """
        do something
        """

在 next_rule 中，软件只需要文件所在的文件夹而不是文件名，但是由于 snakemake 没有将先前的规则作为输入，所以它说 files do not exist。有没有办法告诉 snakemake 按顺序运行一个规则，而不需要将先前的输出作为输入？

Answer 1

您可以在 shell 脚本中提取目录名称：

rule next_rule:
    input:
        folder= "{sample}/path/to/{sample}.stat",
    output:
        raw= "{sample}/path/to/{sample}.raw.txt"
    shell:
        """
        folder=`dirname {input.folder}`
        do something $folder
        """

Is there a way to tell snakemake to run a rule in order without necessary taking the previous output as input?

也许你可以想出一些逻辑来做到这一点，但我认为你会违背 snakemake 的目的和设计原则。

Snakemake 运行规则顺序

Snakemake run rule in order

snakemake