将字符元素传递给 render() 以创建多个不同的 PDF

Question

我尝试使用 Markdown 创建许多 PDF，它们看起来都一样，但使用不同的数据。为此，我创建了一些代码来生成应在创建 PDF 文件时使用的随机数据。


library(tidyverse) 


r_sample <- seq(1, 5, by = 0.1)

nr_rows <- 10

df_names <- vector()

for(i in 1:2){
  name <- paste0("i_",i)
  
  i_sample <- tibble("Name" = paste0("i_", seq(1:nr_rows)))
  i_sample <- i_sample %>% add_column(sample(r_sample, nr_rows, replace = TRUE)) %>% 
    rename("Value" = "sample(r_sample, nr_rows, replace = TRUE)")
  
  
  assign(name, i_sample)
  df_names[i] <- name
}

Markdown 脚本几乎是空的，因为它仅用于测试目的。


---
title: "Test"
output: pdf_document
params: 
  data : ""
---

This is just a Test. 

```{r echo = FALSE}

params$data
```.  #error made intentionally!

现在我尝试使用 render() 将数据从我的 R 脚本获取到 Markdown 脚本中。因为我想遍历不同的数据帧，所以我写了一个简单的循环。


for(i in 1:2){
  rmarkdown::render('Test.Rmd', params = list(data = df_names[i]), 
                    output_file = glue::glue(paste0("file_", df_names[i], ".pdf")))
}

现在进入正题。 Markdown 将 env_names[i] 的输入理解为字符而不是数据框。但是，如果我像这样手动输入：

rmarkdown::render('Test.Rmd', params = list(data = i_1), output_file = glue::glue(paste0("file_i_1.pdf")))

有效。我明白这个问题，但我找不到解决这个问题的方法。

如果有人能提供帮助，我将非常高兴！提前致谢。

Answer 1

手头问题的直接解决方法是将 df_names[i] 包装在 get() 中，以便访问名称与 df_names[i] 匹配的对象，而不是传递 [=13] 的值=] 到 render():

rmarkdown::render('Test.Rmd', params = list(data = get(df_names[i])), 
                    output_file = glue::glue(paste0("file_", df_names[i], ".pdf")))

然而，在全局环境中使用 assign 动态创建对象在 R 中相当不合常理——不这样做也消除了之后使用 get() 的需要。

因此，我建议将问题的代码片段写成如下：

r_sample <- seq(1, 5, by = 0.1)
nr_rows <- 10

df_list <- list()

for(i in 1:2){
  df_list[[i]] <- tibble(Name = paste0("i_", seq(1:nr_rows)), Value = sample(r_sample, nr_rows, replace = TRUE))
}

然后，循环渲染文件变成：

for(i in 1:2){
  rmarkdown::render('Test.Rmd', params = list(data = df_list[[i]]), 
                    output_file = paste0("file_i_", i, ".pdf"))
}

将字符元素传递给 render() 以创建多个不同的 PDF

Passing a character-element to render() to create several different PDFs

r

knitr

r-markdown