无法使用 terra 包将压缩的 geotiffs 写入磁盘

Question

我正在尝试从 Robert Hijmans 的栅格包切换到更新更快的 terra 包，以便在 r 中进行栅格计算。在这样做的过程中，我想出了一个我无法解决的非常简单的问题。无论我做什么，我都无法使用新的 writeRaster 函数将 geotiff 写入压缩文件。

这是一个可重现的例子：让我们从头开始制作 2 个光栅：

具有连续值的大型栅格

图书馆（土地）

r <- rast(ncol=1000, nrow=1000, xmin=0, xmax=10, ymin=0, ymax=10)

值(r) <- 1:ncell(r)
具有单个值的大栅格

r2 <- rast(ncol=1000, nrow=1000, xmin=0, xmax=10, ymin=0, ymax=10)

值(r2) <- 1

无论我是否在新的 writeRaster 函数中指定了压缩选项，输出文件都会导致两个栅格的大小完全相同。表示没有应用压缩。

writeRaster(r2, "D:/simple_raster_test_no_comp_lzw.tif", overwrite=T) #complex raster no compression
writeRaster(r2, "D:/simple_raster_test_comp_lzw.tif", overwrite=T,  gdal=c("COMPRESS=LZW"))
writeRaster(r, "D:/test_comp_lzw.tif", overwrite=T) #simple raster no compression
writeRaster(r, "D:/test_comp_lzw2.tif", overwrite=T,   gdal=c("COMPRESS=LZW"))

file.size("D:/simple_raster_test_no_comp_lzw.tif")
file.size("D:/simple_raster_test_comp_lzw.tif")
file.size("D:/test_comp_lzw.tif")
file.size("D:/test_comp_lzw2.tif")

我意识到只是没有考虑 gdal 压缩参数，因为我可以将 LZW 字符串替换为任何值，并且仍然获得没有压缩且没有错误的光栅输出。

writeRaster(r, "D:/test_comp_lzw3.tif", overwrite=T,   gdal=c("COMPRESS=IAmSuperman"))
file.size("D:/test_comp_lzw3.tif")

最后，尝试使用较旧的光栅包语法进行保存会产生相同的未压缩结果

writeRaster(r, "D:/test_comp_lzw4.tif", overwrite=T,  compress="lzw")
file.size("D:/test_comp_lzw4.tif")

知道如何克服这个问题吗？我使用相当大的 geotifs 并且在没有压缩的情况下，我很快就会像香肠一样塞满我的硬盘...

Answer 1

如果您在包中发现错误，那么报告它的最佳位置是 github 或类似的地方（here 用于 terra 包。

写完答案才看到你的评论；所以为了后代，下面我展示了压缩的工作原理；至少在 CRAN 的当前版本和开发版本中。

library(terra)
#terra version 1.1.4

r <- rast(ncol=1000, nrow=1000, xmin=0, xmax=10, ymin=0, ymax=10)
values(r) <- sqrt(1:ncell(r))

ff <- replicate(4, paste0(tempfile(), ".tif"))

writeRaster(r, ff[1], overwrite=T) #complex raster no compression
writeRaster(r, ff[2],  gdal=c("COMPRESS=LZW"))
writeRaster(r>100, ff[3]) #simple raster no compression
writeRaster(r>100, ff[4],   gdal=c("COMPRESS=LZW"))

sapply(ff, file.size, USE.NAMES=FALSE)
#[1] 4003716 2886677 4003712  146519

无法使用 terra 包将压缩的 geotiffs 写入磁盘

Can't write compressed geotiffs to disk using terra package

r

raster

r-raster

terra