如何在 R igraph 中连接方向子图

Question

我有一个方向加权图，由两个 或更多 个断开的子图组成（除了 weight 之外还有一些属性）：

require(igraph)
df<-data.frame(from=c(1,2,4,5),to=c(2,3,5,6),weight=c(1,1,1,1),attr=c(0.1,0.1,0.1,0.1))
g<-graph_from_data_frame(df,directed=T)

我的最终目标是找到最短路径，但这只能针对连通图来完成。

因此，我需要将这两个子图连接起来，边在 3 和 4 之间，权重较大（可能 vcount(g)），所以最后我只有一个图。通常，顶点名称是定义方向（从小到大）的日期。可以存在多个间隙。

Answer 1

对于你的情况，你可以这样做：（感谢

的评论

h <- add.edges(g, c("3","4"), weight = vcount(g))

Answer 2

如果你有一个以上的差距（即两个以上的集群），你可以尝试下面的代码

e <- c(sapply(decompose(g),function(x) names(V(x))[degree(x)==1]))
G <- g %>% 
  add.edges(e[2:(length(e)-1)],weight = vcount(g))

这样

> get.data.frame(G)
  from to weight attr
1    1  2      1  0.1
2    2  3      1  0.1
3    4  5      1  0.1
4    5  6      1  0.1
5    7  8      1  0.1
6    8  9      1  0.1
7    3  4      9   NA
8    6  7      9   NA

数据

df <-
  data.frame(
    from = c(1, 2, 4, 5, 7, 8),
    to = c(2, 3, 5, 6, 8, 9),
    weight = c(1, 1, 1, 1, 1, 1),
    attr = c(0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1)
  )

如何在 R igraph 中连接方向子图

how to connect directional sub-graphs in R igraph

connection

r

shortest-path

igraph