将适配器序列添加到 fastq 文件的末尾

Question

我有一个很大的 fastq 文件，我想将序列 "TTAAGG" 添加到我文件中每个序列的末尾（第 2 行，然后每隔 4 行），同时仍然保持 fastq 文件格式.例如：这是我开始的第一行：

@HWI-D00449:41:C2H8BACXX:5:1101:1219:2053 1:N:0:
GCAATATCCTTCAACTA
+
FFFHFHGFHAGGIIIII

我想打印出来：

@HWI-D00449:41:C2H8BACXX:5:1101:1219:2053 1:N:0:
GCAATATCCTTCAACTATTAAGG
+
FFFHFHGFHAGGIIIII

我想 sed 或 awk 会对此有好处，但我一直无法找到允许我保留 fastq 格式的解决方案。

我试过了：

awk 'NR%4==2 { print [=12=] "TTAAGG"}' < file_in.fastq > fileout_fastq

将 TTAAGG 添加到第二行，然后每四行添加一次，但同时删除了其他三行。

有没有人对我可以使用的命令行有任何建议，或者如果您知道当前可用的软件包可以执行此操作，请告诉我！

Answer 1

用 GNU sed 试试这个：

 sed '2~4s/$/TTAAGG/' file

adding an adapter sequence to the end of a fastq file